W dokumencie zaproponowano następujące rekomendacje dotyczące funkcjonowania systemu handlu uprawnieniami do emisji gazów cieplarnianych (EU ETS), od 2021 r.

• Jeśli chodzi podział puli aukcyjnej przypadającej Polsce w kolejnym okresie rozliczeniowym i możliwość skorzystania z przewidzianych w unijnej dyrektywie mechanizmów: zrezygnowanie z derogacji dla energetyki, sprzedaż całej puli aukcyjnej dostępnej dla Polski na aukcjach i przeznaczenie dochodów ze sprzedaży 275 mln uprawnień do emisji na zasilenie krajowego funduszu celowego na modernizację sektora energetycznego, za który odpowiedzialny jest minister energii.
• W latach 2020-2021 sprzedaż na aukcjach uprawnień do emisji niewykorzystanych (w ramach art. 10c dyrektywy EU ETS) w obecnym okresie rozliczeniowym. Szacunkowo jest to 60-70 mln uprawnień do emisji. Uzyskane w ten sposób pieniądze będą dochodami budżetu państwa, w tym środki ze sprzedaży 30 mln uprawnień zostaną przeznaczone na inwestycje w sektorze energetycznym.
• Część puli bazowej Funduszu Modernizacyjnego – w wysokości 57,5 mln uprawnień – powinna być przeznaczona dla podmiotów z sektora energetycznego.
• Pozostała część puli bazowej Funduszu Modernizacyjnego powinna być przeznaczona na realizację programów przeznaczonych szerszemu gronu odbiorców, nie tylko z sektora energetycznego.
• Biorąc pod uwagę kierunek polityki klimatyczno-energetycznej UE, środki powinny zostać przeznaczone przede wszystkim na inwestycje mające na celu realizację Krajowego Planu na rzecz Energii i Klimatu na lata 2021-2030,

w szczególności:

- energetykę jądrową,
- modernizację jednostek wytwórczych w sektorze energetycznym,
- rozwój sieci przesyłowych i dystrybucyjnych, w tym ciepłowniczych,
- poprawę efektywności energetycznej, w tym w budownictwie,
- OZE wraz z infrastrukturą towarzyszącą, w tym budowle piętrzące umożliwiające instalację elektrowni wodnych,
- ograniczanie emisji z transportu, w tym elektromobilność,
- magazynowanie energii,
- rozwój wykorzystania paliw wodorowych,
- zwiększenie połączeń międzysystemowych między państwami UE,
- działania zapewniające sprawiedliwą transformację.

• Określenie ostatecznych kierunków wsparcia powinno uwzględniać konieczność zapewnienia ciągłej i stabilnej absorpcji środków z Funduszu Modernizacyjnego podczas całego okresu jego funkcjonowania.
• W 2023 r. należy przeprowadzić przegląd funkcjonowania mechanizmów i absorpcji środków, w szczególności pod kątem wprowadzenia ewentualnych zmian w finansowanych programach.
• Za obsługę projektów finansowanych ze środków Funduszu Modernizacyjnego ma być odpowiedzialny Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej.