W projekcie ustawy przede wszystkim uregulowano zasady udzielania wsparcia finansowego armatorom śródlądowym oraz funkcjonowania Funduszu Żeglugi Śródlądowej i Funduszu Rezerwowego. Dostosowano polskie prawo do zaleceń Komisji Europejskiej (KE) w celu prawidłowego stosowania przepisów dotyczących pomocy publicznej w przypadku działalności Funduszu Żeglugi Śródlądowej.  Dostosowano także funkcjonowanie Funduszu Rezerwowego do prawa europejskiego. Nowe rozwiązania powinny też zwiększyć efektywność wykorzystania środków z Funduszu Żeglugi Śródlądowej.

Nowe regulacje mają umożliwić rozwój i modernizację floty statków żeglugi śródlądowej przez zapewnienie finansowego wsparcia armatorom ze środków Funduszu Żeglugi Śródlądowej, przy jednoczesnym uwzględnieniu celów środowiskowych i pozytywnych efektów ekonomicznych. Wskazano formy finansowego wsparcia armatorów, takie jak: kredyty o preferencyjnym oprocentowaniu, umorzenia części kredytów preferencyjnych, refinansowanie zakupu składników wyposażenia statków. Wsparcie finansowe z Funduszu Żeglugi Śródlądowej, poza armatorami z Polski, będą mogli uzyskać także armatorzy z pozostałych krajów unijnych.

Ponadto określono sposób funkcjonowania Funduszu Żeglugi Śródlądowej, Funduszu Rezerwowego oraz Rady Żeglugi Śródlądowej. Przewidziano rezygnację z uiszczania składek przez armatorów śródlądowych na rzecz Funduszu Żeglugi Śródlądowej oraz założono zwiększenie kręgu beneficjentów, mogących ubiegać się o kredyty preferencyjne ze środków Funduszu Żeglugi Śródlądowej, o armatorów statków pasażerskich i utrzymaniowo-technicznych.

Zniesienie wymogu opłacania składek na rzecz Funduszu Żeglugi Śródlądowej było jednym z postulatów środowiska armatorów śródlądowych. Chodzi  o ułatwienie prowadzenia działalności przez armatorów, którzy natykają się na problemy związane z brakiem żeglowności rzek. Jedną z ważnych grup beneficjentów nowych przepisów są również armatorzy statków pasażerskich. Jednak ze względu na konieczność wspierania armatorów statków towarowych, pozostających w gorszej sytuacji rynkowej – kwota kredytów przeznaczonych dla armatorów statków pasażerskich nie będzie mogła przekroczyć 30 proc. kwoty środków przeznaczonych na kredyty preferencyjne w planie finansowym Funduszu Żeglugi Śródlądowej.

Ponadto, w projekcie – zgodnie z zaleceniami KE – zaproponowano usunięcie mechanizmu wypłaty środków z Funduszu Żeglugi Śródlądowej za trwałe wyłączenie statków z eksploatacji (wypłaty za tzw. złomowanie nie występują w praktyce od 2012 r.) oraz uchylenie przepisów dotyczących pomocy dla przedsiębiorstw w trudnej sytuacji ekonomicznej (w praktyce taka pomoc nie wystąpiła). W projekcie uwzględniono także możliwość finansowania wielu działań promujących śródlądowy transport wodny, określonych w planie promocji żeglugi śródlądowej, przyjmowanym każdego roku przez Radę Żeglugi Śródlądowej.

Nowe przepisy mają wejść w życie po miesiącu od ich ogłoszenia w Dzienniku Ustaw, z wyjątkiem jednego artykułu, który ma obowiązywać z dniem następującym po dacie ogłoszenia. Jednocześnie przestanie obowiązywać ustawa z 28 października 2002 r. o Funduszu Żeglugi Śródlądowej i Funduszu Rezerwowym.