Przewidziano reorganizację terenowej administracji żeglugi śródlądowej, tak aby wzmocnić urzędy żeglugi śródlądowej w Bydgoszczy, Wrocławiu i Szczecinie oraz  przystosować je do wykonywania nowych zadań, przewidzianych w ustawie Prawo wodne (obowiązuje od 1 stycznia 2018 r.). Zmiany są konieczne ze względu na planowany intensywny rozwój żeglugi śródlądowej w Polsce, zwłaszcza na Wiśle i Odrze. 

W Polsce działa 8 urzędów żeglugi śródlądowej. Są one umiejscowione w Bydgoszczy, Giżycku, Gdańsku, Kędzierzynie-Koźlu, Krakowie, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu. Ta struktura nie jest jednak przystosowana do wykonywania nowych zadań przewidzianych w przepisach Prawa wodnego oraz nie zapewnia prowadzenia aktywnej polityki w dziedzinie śródlądowego transportu wodnego i jego aktywnego promowania. Dlatego po zmianach, terenowymi organami administracji żeglugi śródlądowej będą dyrektorzy urzędów żeglugi śródlądowej w Bydgoszczy, Wrocławiu i Szczecinie.

Po wejściu w życie ustawy Prawo wodne na dyrektorów urzędów żeglugi śródlądowej nałożono nowe zadania, m.in. dotyczące uzgadniania dokumentów planistycznych i inwestycyjnych, wydawania decyzji administracyjnych, pełnienia funkcji inwestora w działaniach związanych z budową, przebudową i modernizacją śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym.

Jednocześnie 5 dotychczasowych urzędów żeglugi śródlądowej zostanie przekształconych w delegatury.

Dla Urzędu Żeglugi Śródlądowej w Bydgoszczy zostaną ustanowione delegatury w Gdańsku, Giżycku i Warszawie, a dla Urzędu Żeglugi Śródlądowej we Wrocławiu – delegatury w Kędzierzynie-Koźlu i Krakowie. Przypisanie delegatur do tych urzędów uwzględnia podział Polski na dorzecza dwóch najważniejszych dla żeglugi śródlądowej rzek – Wisły i Odry. Jednocześnie przydzielenie delegatury w Krakowie do Urzędu Żeglugi Śródlądowej we Wrocławiu ma na celu bardziej równomierne obciążenie liczbą spraw administracyjnych obydwu urzędów żeglugi śródlądowej (w Bydgoszczy i Wrocławiu) oraz uwzględnia planowane inwestycje na śródlądowych drogach wodnych, w tym połączenie rzek Odry i Wisły.

Zastąpienie 5 istniejących urzędów żeglugi śródlądowej delegaturami ma również na celu taki podział zadań – dotychczas wykonywanych i przewidzianych w ustawie Prawo wodne –  który umożliwi realizację przez te urzędy nowych, złożonych zadań i obowiązków oraz ograniczy koszty funkcjonowania całej terenowej administracji żeglugi śródlądowej (w delegaturach, co do zasady, nie trzeba będzie zatrudniać dodatkowych osób na stanowiskach m.in. księgowych, kadrowych, administracyjnych, obsługi prawnej, gdyż obowiązki te będą wykonywane w 3 urzędach: Bydgoszczy, Wrocławiu i Szczecinie).

Nowe regulacje powinny wejść w życie pierwszego dnia miesiąca następującego po miesiącu ogłoszenia.