Janusz Józef Kotowski jest absolwentem Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie (obecnie Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego) na kierunku filozoficzno-teologicznym. Początkowo związany z oświatą (1990-2004), był m. in. współzałożycielem i dyrektorem Społecznego Liceum Ekonomicznego w Ostrołęce. Następnie w latach 2001-2005 pełnił funkcję dyrektora Miejskiego Ośrodka Sportu i Rekreacji w Ostrołęce. W latach 2005-2006 zajmował stanowisko wicemarszałka województwa mazowieckiego. Odpowiadał za kulturę i ochronę środowiska. W późniejszych okresie, w latach 2006-2018, przez trzy kadencje piastował urząd Prezydenta Miasta Ostrołęki. Od maja 2019 r. do sierpnia 2020 r. zasiadał w zarządzie Energa Elektrownie Ostrołęka SA.