Krzysztof Stępień od 1991 r., był asesorem i prokuratorem Prokuratury Rejonowej w Lipsku, a następnie od 1994 r. sędzią Sądu Rejonowego w Lipsku. W 1998 r. został przeniesiony na stanowisko sędziego Sądu Rejonowego w Zwoleniu, gdzie pełnił funkcję prezesa sądu.

Postanowieniem Prezydenta RP z dnia 4 czerwca 2004 r. został powołany na stanowisko sędziego Sądu Okręgowego w Krośnie, a z dniem 1 maja 2005 r. przeniesiony na stanowisko sędziego Sądu Okręgowego w Przemyślu. W latach: 2004 -2005 był prezesem Sądu Rejonowego w Przemyślu i 2005 - 2011 wiceprezesem Sądu Okręgowego w Przemyślu. Sędzia Krzysztof Stępień jest karnistą i orzeka w II Wydziale Karnym Sądu Okręgowego w Przemyślu.