W ocenie Ministra Sprawiedliwości dr Michał Sopiński podejmował działania podważające zasadę apolityczności, do której przestrzegania zobowiązani są nauczyciele akademiccy pełniący funkcje w uczelniach służb państwowych.

Zarzuty sformułowane wobec Rektora-Komendanta dotyczą:

Publicznego angażowania się w politykę: w okresie od 25 marca 2023 r. do 24 kwietnia 2024 r., jako Rektor-Komendant uczelni, dr Sopiński w swoich aktywnościach w mediach społecznościowych regularnie publikował treści o charakterze politycznym, otwieranie wspierał konkretną partię polityczną („Solidarna Polska” lub „Suwerenna Polska”) oraz określony obóz polityczny, wykorzystywał swoją funkcję do działań autopromocyjnych o charakterze politycznym.

Atakowania naukowców za ich badania: w maju 2023 r. dr Michał Sopiński opublikował na swoim profilu w serwisie społecznościowym „X” (dawniej Twitter) wpis, który nawoływał do przemocy fizycznej i upokorzenia wobec prof. Jana Grabowskiego oraz prof. Barbary Engelking, badaczy Holocaustu z Centrum Badań nad Zagładą Żydów Polskiej Akademii Nauk. W treści wpisu pojawiły się sformułowania wzywające do "golenia głów", co stanowi formę przemocy symbolicznej i fizycznej. Apelował o stosowanie innych form represji, takich jak pozbawienie obywatelstwa i tytułów naukowych. Treść wpisu była reakcją na ogłoszone przez badaczy wyniki ich badań naukowych oraz publiczne wypowiedzi dotyczące Holocaustu. Wpis w ocenie Ministra Sprawiedliwości przekroczył granice swobody wypowiedzi oraz naruszył normy tolerancji akademickiej.

Zachowania Rektora-Komendanta związane z aktywnością w mediach społecznościowych były sprzeczne z etyką zawodową nauczycieli akademickich i standardami funkcjonowania uczelni oraz uchybiały godności zawodu nauczyciela akademickiego. Publikacje tego rodzaju treści przez osobę zajmującą stanowisko Rektora-Komendanta uczelni mundurowej miały szkodliwy wpływ na wizerunek uczelni, wspólnoty akademickiej oraz całej służby państwowej, którą Rektor-Komendant reprezentuje.

Postępowanie zostało wszczęte na podstawie przepisów ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. o szkolnictwie wyższym i nauce oraz rozporządzenia Ministra Edukacji i Nauki z dnia 8 czerwca 2022 r., w związku z pełnieniem przez dr. Sopińskiego funkcji rektora uczelni służb państwowych, nadzorowanej przez Ministra Sprawiedliwości.

Postępowanie ma na celu wyjaśnienie, czy dr. Michał Sopiński w związku z przedstawionym zachowaniem dopuścił się przewinień dyscyplinarnych nauczyciela akademickiego.