Do zadań departamentu należy w szczególności:

1. koordynowanie kontroli prowadzonych dla działu administracji rządowej oświata i wychowanie;
2. koordynowanie spraw związanych z kontrolami zewnętrznymi przeprowadzanymi w Ministerstwie;
3. monitorowanie realizacji zaleceń pokontrolnych wydanych w związku z powyższymi kontrolami;
4. prowadzenie kontroli zleconych przez Prezesa Rady Ministrów, o których mowa w ustawie z dnia 15 lipca 2011 r. o kontroli w administracji rządowej;
5. koordynowanie realizacji zadań związanych z przeciwdziałaniem korupcji;
6. nadzoru Ministra nad fundacjami, dla których Minister został wskazany jako organ nadzorujący;
7. przyjmowanie skarg, wniosków i petycji wpływających do Ministerstwa oraz koordynowanie ich rozpatrywania i załatwiania;
8. koordynowania realizacji spraw z zakresu zarządzania ryzykiem.

W strukturze DKA działa funkcjonalnie niezależna i wyodrębniona komórka audytu wewnętrznego do której zadań należy w szczególności:

• prowadzenie audytu wewnętrznego;
• koordynowanie realizacji spraw z zakresu kontroli zarządczej, dotyczących samooceny kontroli zarządczej, oświadczenia Ministra o stanie kontroli zarządczej;
• obsługa organizacyjna komitetu audytu dla działu administracji rządowej – oświata i wychowanie.