Maciej Jakubowski zdobył wszechstronne wykształcenie w warszawskiej uczelni, ale był związany również z Uniwersytetem Pittsburskim w Stanach Zjednoczonych oraz Uniwersytetem Ludwika i Maksymiliana w Monachium. Uzyskał prestiżowe stypendia Fundacji na rzecz Nauki Polskiej, Robert Schuman Centre for Advanced Studies oraz European University Institute we Florencji.

Swoje ekonomiczne i socjologiczne doświadczenie rozwijał w zespole badawczym Centralnej Komisji Egzaminacyjnej, w której zajmował się edukacyjną wartością dodaną. Opracował autorską metodę badania takiej wartości dla gimnazjów. W roku 2012 Maciej Jakubowski został powołany na stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Edukacji Narodowej, w którym odpowiadał za strategię i finansowanie.

W 2014 roku założył Fundację Evidence Institute, aby promować wykorzystanie badań w praktyce nauczania i budowaniu polityki edukacyjnej. Jego pasją jest przekazywanie nauczycielom, uczniom i rodzicom wiedzy o metodach nauczania mających mocne oparcie w badaniach, a także obalanie popularnych mitów edukacyjnych. Współpracuje jako konsultant dla rządów i instytucji międzynarodowych takich jak Bank Światowy, OECD, UNESCO, UNDP, czy Komisja Europejska. Jest autorem kilkudziesięciu książek i artykułów naukowych oraz wielu prac popularyzatorskich.