Już w 2020 r. Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego zakazał dalszej działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego w Krakowie prowadzonego przez Związek Legionistów Polskich. Decyzja została podjęta po uprzednim przeprowadzeniu wszelkich przewidzianych prawem  oraz wynikających z zasad współżycia społecznego i dobrych praktyk w relacjach międzysektorowych czynności (kontrola, zalecenia pokontrolne, list intencyjny, wielokrotne spotkania i mediacje, w tym wielokrotne rozmowy bezpośrednie ministra i przedstawicieli ZLP). Przesłanką do jej podjęcia była przede wszystkim troską  o dobro dziedzictwa narodowego i działanie na rzecz dobra publicznego, jakim jest  zabezpieczenie zbiorów związanych z walką Polaków o niepodległość, m.in. eksponatów odnoszących się do historii Legionów Polskich, organizacji patriotycznych i niepodległościowych, a także pamiątek po marszałku Józefie Piłsudskim i marszałku Edwardzie Rydzu-Śmigłym, oraz doprowadzenie do utworzenia na ich bazie nowej ekspozycji.

Decyzja o zakazie dalszej działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego została podjęta na mocy ustawy z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach oraz kodeksu postępowania administracyjnego.

Geneza decyzji o zakazie działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego

W 2018 roku Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego, zaniepokojony alarmującymi informacjami na temat Muzeum Czynu Niepodległościowego w Krakowie, na wniosek Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa, podjął decyzję o przeprowadzeniu kontroli Muzeum zlokalizowanego w Domu im. Józefa Piłsudskiego na krakowskich Oleandrach.

Kontrola wykazała szereg bardzo poważnych uchybień w funkcjonowaniu Muzeum, w tym także w zakresie bezpieczeństwa zbiorów i zwiedzających. Muzeum otrzymało zalecenia pokontrolne, których  nie zrealizowało. W tej sytuacji Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego, kierując się dobrem dziedzictwa narodowego, którego częścią są zbiory Muzeum Czynu Niepodległościowego, jak i jego siedziba – zabytkowy Dom im. Józefa Piłsudskiego przy Alei 3. Maja 7 w Krakowie, zaproponował rozwiązanie zawarte w liście intencyjnym podpisanym 2 listopada 2018 r. przez Związek Legionistów Polskich i Muzeum Narodowe w Krakowie.  Działania te były realizowane w porozumieniu  z władzami samorządowymi miasta Krakowa. 

Zgodnie z zapisami listu intencyjnego, Dyrektor Muzeum Narodowego w Krakowie zobowiązał się, że obejmie zbiory Muzeum Czynu Niepodległościowego opieką merytoryczną i konserwatorską, będzie prowadzić oddział MNK pod nazwą Muzeum Czynu Niepodległościowego oraz powoła kolegium ds. nowego oddziału, w skład którego wejdą m.in. przedstawiciele Związku. Związek Legionistów Polskich zobowiązał się do przekazania Muzeum Narodowemu w Krakowie zbiorów do 30 listopada 2019 r. na podstawie odpowiednich umów. Niestety, mimo pełnej gotowości Muzeum Narodowego w Krakowie, do podpisania umów nigdy nie doszło z powodu wycofania się Związku Legionistów Polskich z jakiejkolwiek współpracy. Kolejne rozmowy i mediacje podejmowane m.in. osobiście przez ministra, nie przyniosły zmiany postawy ZLP.

Wobec tego Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego wszczął w oparciu o przepis art. 8 ust. 2 ustawy o muzeach postępowanie administracyjne w sprawie zakazu dalszej działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego w Krakowie. W toku postępowania zapoznano się ze zgromadzonym materiałem dowodowym, ze stanowiskiem Związku Legionistów Polskich wobec ustaleń MKiDN oraz w szczególności z treścią opinii Rady do Spraw Muzeów i Miejsc Pamięci Narodowej, która rekomendowała wydane zakazu prowadzenia dalszej działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego w Krakowie oraz zabezpieczenie zbiorów poprzez przekazanie ich w depozyt muzeum będącego państwową instytucją kultury.  

W 2020 r. Minister KiDN podpisał decyzję o zakazie dalszej działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego. Związek Legionistów Polskich wniósł skargę na tę decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. WSA nie uwzględnił wniosku ZLP. W związku z niezastosowaniem się Związku Legionistów Polskich do decyzji, Minister zwrócił się do Wojewody Małopolskiego o jej wyegzekwowanie. ZLP wniósł zarzuty w tej sprawie, co spowodowało zawieszenie postępowania egzekucyjnego. Oddalenie przez Ministra zarzutów Związku pozwoliło na wznowienie postępowania. W marcu Wojewoda Małopolski wezwał Związek Legionistów Polskich do wykonania obowiązku wynikającego z tytułu wykonawczego pod rygorem zastosowania środka egzekucyjnego w postaci odebrania muzealiów znajdujących się w Muzeum Czynu Niepodległościowego.