Muzeum Zamkowe w Malborku utworzono 1 stycznia 1961 r. Przed wojną nosiło ono nazwę: Staatliche Sammlungen des Schlosses. Zbiory Muzeum mają charakter historyczno-artystyczny, jest to także muzeum wnętrz.

Przez cały okres wojny zbiory pozostawały w murach zamku. W 1944 r. konserwator Bernhard Schmid przygotował plan ewakuacji najcenniejszych obiektów, deponując je jednak w skrytkach w obrębie zamku. Jedynym wyjątkiem był gabinet numizmatyczny, który został wywieziony do Gdańska i zabezpieczony w sejfie Miejskiej Kasy Oszczędności. Po włączeniu w system obrony Malborka, zamek stał się ostatnią linią oporu wojsk niemieckich i zimą 1945 r. doznał dotkliwych zniszczeń w wyniku sowieckiego ostrzału artyleryjskiego. Najbardziej ucierpiała wschodnia część kompleksu zamkowego wraz z kościołem Najświętszej Marii Panny. Po zakończeniu działań militarnych, niezabezpieczony zamek i znajdujące się tam zbiory stały się przedmiotem szabru; te ostatnie niszczały pod gruzami, narażone na działanie niekorzystnych warunków atmosferycznych. W końcu maja 1945 r. podjęto pierwsze działania zmierzające do zabezpieczenia zamku oraz znajdujących się tam zbiorów.

Zidentyfikowane straty wojenne Muzeum to 2161 obiektów (wliczając w to 1438 pozycji przedwojennego inwentarza militariów) oraz gabinet numizmatyczny liczący ponad 14 tysięcy monet, medali, plakiet, pieczątek, odlewów gipsowych, a także orderów i różnych odznak.

Dokładne oszacowanie liczby strat wojennych nie jest jednak możliwe ze względu na brak zachowanych spisów i inwentarzy większości przedwojennych kolekcji. Na podstawie dostępnej dokumentacji archiwalnej, źródeł drukowanych i materiałów ikonograficznych przyjmuje się, że przed wojną zbiory zamku liczyły kilkadziesiąt tysięcy obiektów.

Do najcenniejszych strat wojennych Muzeum należą:

• Relikwiarz kości palca św. Jana, XIV w., pocz. XVI w., srebro złocone, kucie, wycinanie, grawerowanie, wys. ok. 14,5 cm, średnica ok. 5 cm, nr w bazie strat wojennych: 64386;
• Witraż „Tronująca Madonna”, warsztat toruński, 2. poł. XIV w., szkło barwione w masie, farba konturowa, patyna witrażowa, listwy ołowiowe, nr w bazie strat wojennych: 9586;
• Siodło w stylu tureckim, Constantin Quartier, Gdańsk, po 1724, drewno, blacha srebrna, kamienie półszlachetne, aksamit, snycerka, repusowanie, grawerowanie, polerowanie, haftowanie, nr w bazie strat wojennych: 64388;
• Ołtarzyk bursztynowy, Gdańsk (?), Królewiec (?), Elbląg (?), pocz. XVIII w., drewno, bursztyn, kość słoniowa, wys. 39,5 cm, nr w bazie strat wojennych: 64389;
• Obraz tablicowy Matka Boża Pokorna (Malborska), Bartłomiej Pens, ok. 1639, olej na desce, rzeźbiona barokowa rama z 1675 (częściowo zachowana), 159,5 × 117–120 cm, nr w bazie strat wojennych: 64391.