Na podstawie art. 613 ust. 1 Pzp kontrola uprzednia jako obligatoryjna prowadzona jest tylko wobec zamówień objętych współfinansowaniem ze środków Unii Europejskiej. Kontrola ta  obejmuje zamówienia o wartościach określonych w art. 613 ust. 2 ustawy Pzp, tj. min. 10 mln euro dla dostaw i usług oraz min. 20 mln euro dla robót budowlanych.

W przypadku zamówień spełniających przesłankę wartości zamówienia a udzielanych w częściach, obowiązek przeprowadzenia kontroli uprzedniej obejmuje tylko te części zamówień, których, wartość jest równa lub przekracza wyrażoną z złotych równowartość kwoty 1 mln euro.

Prezes Urzędu może również w przypadku udzielania zamówień w częściach odstąpić od przeprowadzenia kontroli uprzedniej, jeżeli wartość poszczególnych części zamówienia jest mniejsza niż kwoty, o których mowa w art. 613 ust. 2 ustawy. Ponadto, Prezes Urzędu może też odstąpić od przeprowadzenia kontroli uprzedniej na wniosek instytucji zarządzającej, jeżeli w ocenie tej instytucji postępowanie zostało przeprowadzone w sposób zgodny z przepisami ustawy. O odstąpieniu informowany jest zamawiający, a w przypadku wniosku instytucji zarządzającej również wnioskodawca.

W przypadkach określonych w art. 614 ustawy Pzp do kompetencji Prezesa Urzędu należy również przeprowadzanie kontroli uprzedniej dokumentów zamówienia. Przeprowadzenie tego rodzaju kontroli uwarunkowane jest spełnieniem ustawowych przesłanek tj. kryterium wartościowego (wartość zamówienia musi być co najmniej równa lub przekraczająca progi unijne) i przesłanki przedmiotowej (zamówienie ma obejmować aspekty związane z innowacyjnością lub którego przedmiotem jest produkt innowacyjny). Dodatkowo zamówienie to nie może spełniać przesłanek kontroli uprzedniej obligatoryjnej, a zatem wartość takiego zamówienia ma być niższa niż progi określone w art. 613 ust. 2 Pzp, a zarazem przekraczająca progi unijne. Kontrola ta może zostać przeprowadzano wyłącznie na wniosek zamawiającego. Kontrola uprzednia dokumentów zamówienia może obejmować, stosownie do decyzji zamawiającego, całość postepowania albo następujące etapy: etap do składania wniosków lub ofert, etap negocjacji, etap oceny ofert. Kontrola ta nie obejmuje swym zakresem dokumentacji  technicznej.
Zamawiający, w przypadku udzielania zamówienia współfinansowanego ze środków UE o wartości równej lub przekraczającej 10 mln euro dla dostaw i usług oraz 20 mln euro dla robót budowlanych, niezwłocznie po wydaniu przez Krajową Izbę Odwoławczą wyroku lub postanowienia kończącego postępowanie odwoławcze, dotyczących wyboru najkorzystniejszej oferty, albo po upływie terminu do wniesienia odwołania, a przed zawarciem umowy, jest zobowiązany przekazać do Urzędu Zamówień Publicznych, potwierdzone za zgodność z oryginałem przez kierownika zamawiającego kopie dokumentacji postępowania, w celu przeprowadzenia kontroli uprzedniej.

Wszczęciem kontroli uprzedniej jest doręczenie Prezesowi Urzędu kopii dokumentacji postępowania w celu przeprowadzenia kontroli uprzedniej.

W sytuacji, gdy po przekazaniu kopii dokumentacji do kontroli zostanie wniesione odwołanie lub skarga, zamawiający ma obowiązek niezwłocznie poinformować o tym Prezesa Urzędu. W wyniku zawiadomienia o wniesionym odwołaniu Prezes Urzędu wstrzymuje wykonanie kontroli do czasu wydania przez KIO wyroku lub postanowienia, z uwzględnieniem art. 578 ust. 2.

Kontrola powinna zakończyć się w terminie 14 dni od dnia doręczenia materiałów, o których mowa w art. 605 ust. 1 ustawy Pzp lub w terminie 30 dni od tego dnia – w przypadkach szczególnie skomplikowanych. Materiałami, o których mowa w art. 605 ust. 1 ustawy Pzp są dokumenty, wyjaśnienia i opinie biegłego.

W zależności od ustaleń kontroli, w informacji o wyniku kontroli Prezes Urzędu informuje, że kontrola nie wykazała naruszeń lub że wykazała naruszenia. Prezes Urzędu w stosunku do konkretnych naruszeń może też wydać zalecenia pokontrolne, jeżeli w toku kontroli stwierdzono, że zasadne jest unieważnienie postępowania lub usunięcie stwierdzonych naruszeń. Na wniosek Prezesa Urzędu zamawiający informuje o sposobie wykonania zaleceń pokontrolnych.

Zamawiający może wnieść umotywowane zastrzeżenia do wyników kontroli uprzedniej w terminie 7 dni od doręczenia informacji o wyniku kontroli. Prezes Urzędu rozpatruje zastrzeżenia w terminie 15 dni od ich otrzymania, a w przypadku ich nieuwzględnienia – przekazuje je do zaopiniowania Krajowej Izbie Odwoławczej. Krajowa Izba Odwoławcza w terminie 15 dni wyraża, w formie uchwały, opinię. O ostatecznym rozpatrzeniu zastrzeżeń Prezes Urzędu niezwłocznie zawiadamia kontrolowanego zamawiającego.

Do czasu doręczenia informacji o wyniku kontroli uprzedniej obligatoryjnej kontrolowany zamawiający nie może zawrzeć umowy z wykonawcą.