Przepisy działu XI rozdziału I mają prymat nad przepisami innych ustaw w zakresie kontroli dotyczącej zamówień publicznych wyłącznie wtedy, gdy występuje jednoznaczna sprzeczność między tymi przepisami a przepisami innych ustaw. W pozostałych przypadkach konieczne będzie komplementarne stosowanie norm ustawy Pzp i przepisów innych ustaw. W celu ustalenia relacji pomiędzy przepisem z ustawy o RIO dotyczącym terminu skierowania do instytucji kontrolowanej wystąpienia pokontrolnego a art. 602 ustawy Pzp należy określić najpierw, czy podpisanie protokołu pokontrolnego jest dokumentem kończącym kontrolę. Zgodnie z art. 602 ustawy Pzp dokumentem kończącym kontrolę powinien być dokument zawierający ostateczne rozstrzygnięcie organu kontrolującego w przedmiocie przeprowadzonej kontroli w zakresie dotyczącym zamówień. Rozstrzygnięcie to powinno zawierać także stanowisko w zakresie ewentualnych zastrzeżeń jednostki kontrolowanej do ustaleń kontroli w przedmiocie zamówień publicznych. Już z powyższego wynika, że samo podpisane protokołu kontroli nie może być uznawane za jej zakończenie w świetle art. 602 ustawy Pzp, niezależnie od specyfiki procedury kontrolnej właściwej dla RIO.

Ustalenie w art. 601 ust. 1 Pzp, iż podstawę stwierdzenia, że postępowanie o udzielenie zamówienia zostało przeprowadzone niezgodnie z ustawą, stanowi naruszenie przepisu ustawy, które miało wpływ na wynik tego postępowania, nie może stanowić przesłanki „wyłączenia” przepisów dotyczących prowadzenia kontroli kompleksowych przez regionalne izby obrachunkowe. Przede wszystkim dlatego, że nie może być mowy o sprzeczności tych przepisów z przepisami działu XI rozdziału I ustawy Pzp. Taka sprzeczność zaistniałaby tylko wtedy, gdyby przepisy Pzp zakazywały lub uniemożliwiały przeprowadzenie kontroli kompleksowych. Natomiast przepisy ustawy Pzp regulują tylko te przypadki, albo tę część kontroli w której bada się wyłącznie zgodność z Pzp. W pozostałym zakresie właściwe pozostają regulacje dotyczące przeprowadzania przez izby kontroli kompleksowych.

Art. 601 ust. 1 Pzp odnosi się nie do sposobu, czy narzędzi prowadzonej kontroli, a do oceny kontrolowanego postępowania. Potwierdza to uzasadnienie do projektu ustawy Pzp, w którym stwierdzono między innymi, że podstawą negatywnej oceny dokonanej przez kontrolera może być tylko nieprawidłowość, która miała wpływ na wynik danego postępowania. Przepis ten nie wpływa na ograniczenie kompetencji organów kontroli, mimo tego, że brak w nim odniesienia w szczególności do zmian umowy w sprawie zamówienia publicznego, czy etapu przygotowania postępowania. Inne spojrzenie na tę regulację prowadziłoby do podważenia racjonalności ustawodawcy, który nie tylko nie uchylił przepisów ustawy o odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych, ale dokonał (w ustawie Przepisy wprowadzające ustawę Prawo zamówień publicznych) nowelizacji czynów stanowiących naruszenie dyscypliny finansów publicznych pozostawiając jednocześnie wyodrębnienie czynu determinowanego wpływem na wynik postępowania.