Art. 601 ust. 1 ustawy Pzp stanowiący, że podstawę stwierdzenia, że postępowanie o udzielenie zamówienia zostało przeprowadzone niezgodnie z ustawą, stanowi naruszenie przepisu ustawy, które miało wpływ na wynik tego postępowania – nie znajduje zastosowania dla kontroli prowadzonych wobec postępowań o udzielenie zamówienia współfinansowanego ze środków UE (art. 601 ust. 2 ustawy Pzp). Powyższe wynika z faktu funkcjonowania odrębnego systemu kontroli postępowań współfinansowanych ze środków UE uregulowanego w odrębnych aktach prawnych, np. ustawie z dnia 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020, czy Rozporządzeniu Ministra Rozwoju z dnia 29 stycznia 2016 r. (Dz.U. z 2016 r., poz. 200 ze zm.) w sprawie warunków obniżania wartości korekt finansowych oraz wydatków poniesionych nieprawidłowo związanych z udzielaniem zamówień. Cele kontroli zamówień publicznych nie obejmują wyłącznie ujawniania naruszeń przepisów o zamówieniach publicznych mających wpływ na wynik konkretnego postępowania, ale także ujawnienie innych naruszeń (nieprawidłowości indywidualnych lub systemowych) skutkujących korektami finansowymi. Wystarczającą zatem podstawą dla wszczęcia kontroli postępowania współfinansowanego ze środków UE może być nawet naruszenie niemające wpływu na wynik postępowania. W konsekwencji, ocena formułowana w wyniku kontroli nie odnosi się do postępowania rozumianego całościowo, a do poszczególnych czynności w postępowaniu.