Budżet państwa składa się z 98 części odpowiadających poszczególnym jednostkom sektora rządowego oraz dla poszczególnych działów administracji rządowej. Minister Zdrowia jest dysponentem 46 części budżetowej – Zdrowie.
Z tej części budżetowej finansowane są przede wszystkim zadania klasyfikowane w dziale:

• Szkolnictwo wyższe i nauka
  z przeznaczeniem głównie na działalność dydaktyczną i badawczą uczelni medycznych w Polsce oraz stypendia dla studentów tych uczelni,
• Ochrona zdrowia
  z przeznaczeniem na wsparcie zadań związanych z organizacją i udzielaniem świadczeń opieki zdrowotnej, w tym w zakresie:
• kształcenia podyplomowego, tj. specjalizacji lekarzy, lekarzy dentystów,
  pielęgniarek i położnych,
• nadzoru nad produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi,
• warunków sanitarnych i nadzoru sanitarnego,
• realizacji programów polityki zdrowotnej, dotyczących m.in. ważnych zjawisk epidemiologicznych, istotnych problemów zdrowotnych i wdrożenia nowych procedur medycznych lub przedsięwzięć profilaktycznych,
• rozwoju infrastruktury ochrony zdrowia, szczególnie szpitali klinicznych i instytutów badawczych nadzorowanych przez Ministra Zdrowia w zakresie budowy, rozbudowy, modernizacji infrastruktury szpitalnej i zakupów inwestycyjnych sprzętu, aparatury medycznej, sprzętu komputerowego i środków transportu,
• organizacji i nadzoru nad systemem Państwowe Ratownictwo Medyczne, w
  tym funkcjonowania Lotniczego Pogotowia Ratunkowego,
• funkcjonowania publicznej służby krwi.

Minister Zdrowia jest także dysponentem dwóch państwowych funduszy celowych:
Funduszu Medycznego oraz Funduszu Rozwiązywania Problemów Hazardowych.