Misją Ministerstwa jest prezentowanie spójnego, odpowiednio uzgodnionego i uzasadnionego stanowiska Polski w obszarze zdrowia na wszystkich forach międzynarodowych. Współpraca międzynarodowa obejmuje sprawy członkostwa Polski w Unii Europejskiej, innych organizacjach międzynarodowych (Organizacji Narodów Zjednoczonych – w tym Światowej Organizacji Zdrowia; Radzie Europy; Organizacji Współpracy Gospodarczej i Rozwoju), współpracę dwustronną z poszczególnymi państwami oraz współpracę rozwojową. Misja ta jest realizowana na podstawie planów współpracy z zagranicą – wieloletnich i rocznych.