Początki działalności Komisji Ekonomicznej wiążą się z wejściem w życie ustawy z 12 maja 2011 r. o refundacji leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobów medycznych, w której wskazano:

Przy ministrze właściwym do spraw zdrowia tworzy się Komisję Ekonomiczną, zwaną dalej „Komisją”.

Prekursorem Komisji Ekonomicznej był Zespół do spraw Gospodarki Lekami, którego działanie było usankcjonowane art. 7 ustawy z 1 lipca 2001 r. o cenach (Dz. U. z 2001 r. poz. 1050), który zgodnie z art. 79 ustawy o refundacji, działał na podstawie dotychczasowych przepisów i wykonywał przyszłe zadania Komisji Ekonomicznej, do czasu jej powołania, nie dłużej jednak niż przez miesiąc od dnia wejścia w życie tej ustawy. Pierwsze posiedzenie organizacyjne Komisji Ekonomicznej miało miejsce 19 października 2011 r.

Ustawodawca zdefiniował również zakres zadań jaki postawił przed tym ciałem doradczym oraz wymagania jakie powinny spełniać osoby w niej zasiadające.

Od roku 2012 skład Komisji Ekonomicznej kształtowany jest w drodze powołania dokonywanego przez Ministra Zdrowia lub upoważnionego przez niego członka Kierownictwa resortu zdrowia. W Komisji Ekonomicznej, stosownie do zadań przed nią stawianych oraz obszaru działań Ministerstwa Zdrowia,  zasiadają osoby z wykształceniem medycznym, farmaceutycznym, ekonomicznym, prawniczym czy doświadczeniem w pracy w administracji publicznej. Szeroki wachlarz wiedzy i uzupełniających się wzajemnie umiejętności członków Komisji Ekonomicznej, pozwala na rozważanie zarówno problemów natury czysto medycznej jak i prawnej czy ekonomicznej, które stanowią nieodzowny element każdego postepowania administracyjnego związanego z ustaleniem ceny technologii medycznej. 

Licząc od 2011 roku do końca maja 2024 r. w Komisji Ekonomicznej zasiadało 66 członków, zaś funkcje Przewodniczącego sprawowało 5 osób spośród jej dotychczasowych członków.

Tabela 1. Członkowie Komisji Ekonomicznej (alfabetycznie)

Lp.	Imię i nazwisko	Powołanie (pierwsze)	Odwołanie
1.	Jakub Adamski	2016 r. luty	2017 r. kwiecień
2.	Grzegorz Bartolik	2013 r. lipiec	2016 r. luty
3.	Tomasz Bochenek	2011 r. październik	2017 r. kwiecień
4.	Katarzyna Bonecka	2017 r. kwiecień	2018 r. lipiec
5.	Przemysław Bonek[1]	2018 r. wrzesień	2022 r. kwiecień
6.	Jerzy Bójko	2011 r. październik	2018 r. listopad
7.	Melania Brzozowska	2011 r. październik	2020 r. wrzesień
8.	Michał Czarnogórski	2011 r. październik	-
9.	Wojciech Czwakiel	2022 r. sierpień	2022 r. grudzień
10.	Dorota Drobisz-Kopydłowska	2011 r. październik	2018 r. styczeń
11.	Michał Dzięgielewski	2020 r. listopad	-
12.	Dominik Dziurda	2021 r. maj	2023 r. wrzesień
13.	Artur Fałek	2011 r. październik	2016 r. luty
14.	Magdalena Gałązka1	2023 r. kwiecień	2023 r. listopad
15.	Katarzyna Garbacz1	2018 r. wrzesień	2023 r. marzec
16.	Wojciech Giermaziak	2011 r. październik	2015 r. wrzesień
17.	Jacek  Graliński	2011 r. październik	2013 r. maj
18.	Karina Jahnz-Różyk	2011 r. październik	2013 r. czerwiec
19.	Damian Jakubik	2019 r. maj	2024 r. marzec
20.	Elżbieta Jazgarska	2011 r. październik	2022 r. sierpień
21.	Sylwia Kacprzykowska1	2022 r. styczeń	-
22.	Dominika Kais-Kamińska1	2023 r. październik	-
23.	Iwona Kasprzak	2024 r. maj	-
24.	Joanna Kilkowska	2018 r. listopad	2023 r. wrzesień
25.	Katarzyna Klimkowska1	2021 r. maj	-
26.	Ivan Kocić	2011 r. październik	2012 r. marzec
27.	Krzysztof Kopeć	2011 r. październik	2012 r. marzec
28.	Martyna Kosmal1	2023 r. kwiecień	2023 r. listopad
29.	Grażyna Kozłowska-Plewa	2011 r. październik	-
30.	Joanna Królak-Buzakowska	2019 r. kwiecień	-
31.	Magdalena Krupa	2014 r. wrzesień	2017 r. kwiecień
32.	Łukasz Kucharenko1	2020 r. listopad	-
33.	Monika Kruszczyńska	2018 r. wrzesień	2019 r. luty
34.	Iga Lipska	2018 r. luty	2019 r. marzec
35.	Agnieszka Łakomy1	2022 r. sierpień	2023 r. kwiecień
36.	Aneta Machnio (Lichwierowicz)	2021 r. maj	2022 r. czerwiec.
37.	Kamila Malinowska	2016 r. luty	2017 r. kwiecień
38.	Mirosław Markowski	2011 r. październik	-
39.	Edyta Matusik	2017 r. marzec	2018 r. lipiec
40.	Sebastian Migdalski	2012 r. marzec	-
41.	Konrad Miłoszewski	2019 r. marzec	2020 r. listopad
42.	Wojciech Modzelewski	2022 r. lipiec	-
43.	Magdalena Nowak1	2019 r. luty	2020 r. listopad
44.	Izabela Obarska	2016 r. luty	2018 r. styczeń
45.	Mateusz Oczkowski	2020 r. listopad	-
46.	Jan Pachecka	2011 r. październik	2012 r. styczeń
47.	Łukasz Pera	2015 r. wrzesień	2016 r. luty
48.	Katarzyna Piotrowska-Radziewicz	2024 r. maj	-
49.	Anna Protas	2020 r. listopad	2021 r. kwiecień
50.	Agnieszka Sanojca	2024 r. marzec	-
51.	Szymon Skoczyński	2013 r. październik	2017 r. marzec
52.	Michał Sobczak1	2020 r. listopad	2021 r. kwiecień
53.	Anna Sołtys	2017 r. kwiecień	2018 r. wrzesień
54.	Jan Staniłko	2017 r. sierpień	2019 r. marzec
55.	Ryszard Stypa	2022 r. marzec	2023 r. czerwiec
56.	Hubert Szalak	2011 r. październik	2022 r. luty
57.	Mirosław Szeligowski	2011 r. październik	2023 r. marzec
58.	Łukasz Szmulski	2019 r. luty	2024 r. marzec
59.	Paweł Tobiaszewski	2023 r. listopad	-
60.	Krzysztof Urban	2012 r. maj	-
61.	Filip Urbański	2020 r. grudzień	-
62.	Barbara Walenciuk	2017 r. lipiec	2018 r. wrzesień
63.	Kinga Warcholińska	2018 r. wrzesień	-
64.	Piotr Warczyński	2013 r. grudzień	2014 r. styczeń
65.	Justyna Wilk1	2023 r. kwiecień	2023 r. listopad
66.	Piotr Włodarczyk	2022 r. lipiec	-

[1] Pracownicy Departamentu Polityki Lekowej i Farmacji uczestniczą w pracach Komisji (jako jej członkowie) w formie rotacyjnej.

Tabela 2. Przewodniczący Komisji Ekonomicznej (alfabetycznie)

Lp.	Imię i nazwisko	Data początkowa	Data końcowa
1.	Artur Fałek	2011 r. październik	2016 r. luty
2.	Kamila Malinowska	2016 r. kwiecień	2017 r. kwiecień
3.	Mateusz Oczkowski	2024 r. marzec	-
4.	Mirosław Szeligowski	2017 r. maj	2023 r. kwiecień
5.	Łukasz Szmulski	2023 r. maj	2024 r. marzec

W początkach działania Komisji spotkania, zarówno członków Komisji jak i posiedzenia negocjacyjne, odbywały się stacjonarnie w budynku Ministerstwa Zdrowia przy ulicy Miodowej, a następnie również przy ulicy Długiej. Nierzadko spotkania takie trwały do późnych godzin nocnych, a w sytuacjach dużego obciążenia liczbą koniecznych do przeprowadzenia negocjacji, również godzin porannych. Sytuacje te z pewnością głęboko zapadły w pamięć zarówno przedstawicielom Wnioskodawców jak i członkom Komisji Ekonomicznej. W tym okresie również cała dokumentacja dotycząca spotkań jak i wyników negocjacji prowadzona była w formie tradycyjnej, papierowej i własnoręcznie podpisywana przez Przewodniczącego Komisji.

Od 2017 r. wsparciem prac Komisji jest System Obsługi List Refundacyjnych (SOLR), z wykorzystaniem którego prowadzony jest zarówno proces obsługi postepowań administracyjnych związanych z refundacją jak i proces negocjacji. 

Jak w wielu przypadkach na całym świecie sposób i tryb funkcjonowania Komisji Ekonomicznej zmieniła pandemia Covid-19. Celem zapewnienia ciągłości działania Komisji, a zatem również urzędu Ministra Zdrowia, i zapewnienia niezakłóconego dostępu do refundowanych leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobów medycznych, zarówno proces negocjacji jak i posiedzenia Komisji Ekonomicznej w pełnym składzie zostały przekształcone do formy zdalnej, prowadzone za pośrednictwem narzędzi teleinformatycznych i w tym trybie odbywają się do chwili obecnej, co usprawnia sam proces negocjacji, jest mniej angażujące dla stron postepowania - nie wiąże się z osobistym stawiennictwem w danym miejscu i czasie.