Komisja Ekonomiczna, jest ciałem doradczym działającym przy Ministrze Zdrowia. Jej zadaniem jest wspieranie Ministra Zdrowia w kształtowaniu krajowego systemu refundacyjnego dotyczącego leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobów medycznych, w tym w szczególności prowadzenie negocjacji z poszczególnymi wnioskodawcami w sprawie objęcie refundacją, skrócenia okresu obowiązywania decyzji, podwyższenia lub obniżenia ceny zbytu netto. Celem nadrzędnym jaki przyświeca działaniom Komisji jest takie ukształtowanie cen ww. technologii medycznych finansowanych ze środków publicznych aby w sposób optymalny wykorzystać ograniczony na ten cel budżet czyli zapewnić jak największą dostępność do terapii we wszystkich kategoriach dostępności jakie przewiduje ustawa o refundacji. W trakcie procesu negocjacji Zespoły negocjacyjne analizują zarówno wymiar dopłaty pacjenta do leku (perspektywa pacjenta), pamiętając o tym, iż zbyt wysoka dopłata może stanowić barierę dla finalnych odbiorców produktu oraz fakt czy oferowany przez wnioskodawcę koszt dla publicznego płatnika świadczeń umożliwia jego sfinansowanie w ramach wysokości środków publicznych, których dysponentem jest NFZ (perspektywa płatnika).

Działalność Komisji Ekonomicznej realizuje się w trzech sferach: prowadzenia procesu negocjacyjnego, który odbywa się w składach 3 do 5-osobowych, którym każdorazowo przewodniczy wyznaczony na przewodniczącego Zespołu członek Komisji, procesu ustalania strategii negocjacyjnej oraz przygotowywania uchwał na podstawie protokołów stanowiących wynik negocjacji. Działania te mają za zadanie wsparcie procesu decyzyjnego ministra właściwego do spraw zdrowia w zakresie objęcia lub odmowy objęcia refundacją danego produktu, jak również ustalenia warunków kosztowo-cenowych ewentualnego objęcia refundacją.

Na czele Komisji Ekonomicznej stoi jej Przewodniczący wspierany działaniem dwóch Zastępców przewodniczącego (prezydium komisji) oraz Sekretarza Komisji, którzy wybierani są spośród aktualnych członków w drodze głosowania.

Członkowie Komisji celem prowadzenia negocjacji z wnioskodawcami są przed każdym kolejnym tygodniem pracy przypisywani do Zespołu negocjacyjnego, na czele którego stoi osoba kierująca prowadzeniem negocjacji.  

Proces negocjacyjny z udziałem Wnioskodawców oraz wyznaczonych po stronie Komisji Zespołów (od 1 do 3 każdego dnia) prowadzony jest w odstępach tygodniowych od poniedziałku do środy, zaś w czwartki odbywa się posiedzenie Komisji Ekonomicznej w pełnym składzie jej członków, w trakcie którego w drodze głosowania (co najmniej połowy powołanych członków Komisji) podejmowane są uchwały w związku z wynikami odbytych spotkań negocjacyjnych oraz opracowywane są propozycje strategii negocjacyjnych lub poruszane są inne sprawy związane z bieżącym funkcjonowaniem tego gremium.

Wynikiem negocjacji prowadzonych pomiędzy przedstawicielami Komisji a przedstawicielami Wnioskodawcy jest dokument opisujący przebieg negocjacji oraz ich wynik (protokół z negocjacji), który finalnie podpisywany jest przez obie Strony jako - wyraz jego akceptacji.  Następnie na wspólnym, cotygodniowym posiedzeniu Komisji omawiany jest wynik zakończonych negocjacji, a następnie Komisja podejmuje, w drodze głosowania, uchwały w sprawie każdego leku będącego przedmiotem zakończonych negocjacji. Jeśli dotychczasowy przebieg spotkań negocjacyjnych nie doprowadził do osiągniecia zamierzonego celu Przewodniczący Komisji może skierować wniosek do ponownych negocjacji. W przypadku niemożności podjęcia uchwały np. z powodu niekompletności niezbędnych informacji Przewodniczący może również odroczyć podjęcie uchwały do dnia uzupełnienia dokumentacji.

W sytuacjach tego wymagających Przewodniczący może również zwołać dodatkowe posiedzenie Komisji Ekonomicznej w pełnym składzie. Warunkiem ważności podejmowanych uchwał jest obecność na posiedzeniu co najmniej połowy członków wchodzących aktualnie w skład Komisji.

Podjęte na posiedzeniu uchwały są następnie przekazywane Ministrowi Zdrowia celem podjęcia rozstrzygnięcia. Uchwały negatywne muszą zawierać uzasadnienie Komisji Ekonomicznej.

Wszystkie zadania Komisji Ekonomicznej są realizowane w oparciu o kryteria legalizmu, obiektywizmu, gospodarności, rzetelności, oraz równoważenia interesów świadczeniobiorców, podmiotów, z którymi są prowadzone negocjacje oraz płatnika świadczeń opieki zdrowotnej.

Zgodnie z art. 17 ust. 2 ustawy o refundacji Komisja Ekonomiczna liczy 20 członków (Skład Komisji Ekonomicznej), w tym:

• 14 przedstawicieli Ministra Zdrowia,
• 6 przedstawicieli Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia.

Obsługę organizacyjno-techniczną Komisji, w tym obsługę zespołów negocjacyjnych zapewnia Departament Polityki Lekowej i Farmacji Ministerstwa Zdrowia.

Komisja składa ministrowi właściwemu do spraw zdrowia coroczne sprawozdania ze swej działalności, w terminie do 31 marca roku następującego po roku, którego sprawozdanie dotyczy.