Ze środków pochodzących z części 46-Zdrowie mogą być finansowane inwestycje jednostek budżetowych oraz mogą być udzielane dotacje celowe na finansowanie lub dofinansowanie kosztów realizacji inwestycji budowlanych i zakupów inwestycyjnych realizowanych przez jednostki podległe lub nadzorowane przez Ministra Zdrowia lub uczelnie medyczne, w zakres których wchodzą w szczególności:

1. uczelnie medyczne,
2. podmioty wykonujące działalność leczniczą:

a. instytuty badawcze,
b. Wnioskodawcy, dla których podmiotem tworzącym bądź nadzorującym jest MZ lub uczelnia medyczna, tj.:

• spółki kapitałowe w których reprezentowany przez Ministra Zdrowia Skarb Państwa posiada udziały albo akcje reprezentujące co najmniej 51% kapitału zakładowego, a w przypadku prostej spółki akcyjnej – co najmniej 51% ogólnej liczby akcji tej spółki,
• spółki kapitałowe wykonujące działalność leczniczą, w których uczelnia medyczna posiada udziały albo akcje reprezentujące co najmniej 51% kapitału zakładowego, a w przypadku prostej spółki akcyjnej – co najmniej 51% ogólnej liczby akcji tej spółki,
• samodzielne publiczne zakłady opieki zdrowotnej, dla których podmiotem tworzącym jest minister właściwy do spraw zdrowia.

Dotacje celowe mogą być udzielone także na cele określone w odrębnych przepisach.

W przypadku gdy Wnioskodawcą jest uczelnia medyczna Minister Zdrowia może udzielić dotacji celowej na realizację inwestycji związanych z kształceniem, o których mowa w art. 373 ust. 1 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce.

Podmiot wykonujący działalność leczniczą może otrzymywać środki publiczne w formie dotacji celowej na podstawie przepisów ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej na realizację inwestycji w zakresie, w jakim realizacja tych zadań służy udzielaniu świadczeń opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, w rozumieniu ustawy z dnia 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych.

Dotacje celowe to jedna z grup wydatków budżetu państwa podlegająca szczególnym zasadom rozliczania, przeznaczona na finansowanie lub dofinansowanie realizacji zadań publicznych. Jest ona formą nieodpłatnej i bezzwrotnej pomocy finansowej udzielanej przez państwo. Z uwagi na roczność budżetu dotacje celowe udzielane są wyłącznie na okresy roczne i muszą być wydatkowane do końca danego roku budżetowego na który zostały udzielone. Warunkiem przyznania dotacji celowej przez Ministra Zdrowia jest istnienie odpowiedniej podstawy prawnej do jej przekazania.

Minister Zdrowia jako dysponent części budżetowej udzielając dotacji zawiera umowę, która zgodnie z art. 150 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych  określa w szczególności:

1. szczegółowy opis zadania, w tym cel, na jaki dotacja została przyznana, i termin jego wykonania;
2. wysokość udzielonej dotacji;
3. termin wykorzystania dotacji, nie dłuższy niż do dnia 31 grudnia danego roku budżetowego;
4. termin i sposób rozliczenia udzielonej dotacji;
5. termin zwrotu niewykorzystanej części dotacji, nie dłuższy niż 15 dni od określonego w umowie dnia wykonania zadania, a w przypadku zadania realizowanego za granicą - 30 dni od określonego w umowie dnia jego wykonania;
6. tryb kontroli wykonania zadania; w umowie można postanowić, że kontrola będzie prowadzona na zasadach i w trybie określonych w przepisach o kontroli w administracji rządowej.

Środki mogą zostać przyznane:

• na wydatki związane z realizacją inwestycji budowlanych, polegających na:
  • budowie - należy przez to rozumieć wykonywanie obiektu budowlanego w określonym miejscu, a także odbudowę, rozbudowę, nadbudowę obiektu budowlanego,   
  • robotach budowlanych - należy przez to rozumieć budowę, a także prace polegające na przebudowie, montażu lub rozbiórce obiektu budowlanego,
  • przebudowie - należy przez to rozumieć wykonywanie robót budowlanych, w wyniku których następuje zmiana parametrów użytkowych lub technicznych istniejącego obiektu budowlanego, z wyjątkiem charakterystycznych parametrów, jak: kubatura, powierzchnia zabudowy, wysokość, długość, szerokość bądź liczba kondygnacji.
  • - wyłącznie w ramach inwestycji budowlanej - zakupie lub wytworzeniu we własnym zakresie środków trwałych bez względu na ich wartość oraz innych przedmiotów - jeżeli są pierwszym wyposażeniem obiektów budowlanych oraz doposażeniu w sprzęt i aparaturę medyczną, w tym w sprzęt zakwalifikowany do wysokospecjalistycznej aparatury medycznej,
• na zakupy inwestycyjne (zakupy aparatury i sprzętu medycznego, innych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, w tym w sprzętu zakwalifikowanego do wysokospecjalistycznej aparatury medycznej).

Szczegółowo sposób realizacji inwestycji finansowanych ze środków publicznych określa Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 2 grudnia 2010 r. w sprawie szczegółowego sposobu i trybu finansowania inwestycji z budżetu państwa. Realizacja inwestycji budowlanej nie może dotyczyć remontów, ani wydatków bieżących, co należy uwzględnić określając zakres prac inwestycyjnych. Dotacje celowe nie są udzielane na inwestycje rozpoczęte lub zrealizowane przed datą zawarcia umowy dotacyjnej.

W przypadku, gdy wartość wniosku o dofinansowanie przekracza 2 mln zł podmiot ubiegający się do dofinansowanie realizacji inwestycji zobowiązany jest do posiadania ważnej i pozytywnej Opinii o celowości inwestycji na realizację wnioskowanych zadań, zgodnie z art. 95d ustawy z dnia 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, zgodnej z zakresem rzeczowym składanego wniosku o dofinansowanie.