Komisja Ekonomiczna obraduje na posiedzeniach, które co do zasady odbywają się w czwartki każdego tygodnia. Pracami Komisji kieruje przewodniczący Komisji, który odpowiada za: organizację prac Komisji, zwoływanie posiedzeń Komisji, przewodnictwo prowadzonych posiedzeń Komisji oraz nadzór nad sprawnym ich przebiegiem, podpisuje uchwały podjęte przez Komisję i przedkłada je ministrowi właściwemu do spraw zdrowia, a także dokonuje ustaleń składu zespołów negocjacyjnych. W przypadku nieobecności przewodniczącego na posiedzeniu Komisji lub zaistnienia innych okoliczności uniemożliwiających mu osobiste wykonywanie powierzonej funkcji, zadania przewodniczącego, realizuje jego zastępca.

Przewodniczący w dniu obradowania przekazuje wszystkim członkom Komisji harmonogram prac danego posiedzenia. Spotkania gremium Komisji przebiegają w sposób zharmonizowany. Początkowa faza spotkania dotyczy kwestii formalnych oraz organizacyjnych. Następnie, pracownicy merytoryczni Departamentu Polityki Lekowej i Farmacji Ministerstwa Zdrowia prezentują informacje ekonomiczno-kliniczne technologii medycznych, dla których Komisja opracowuje strategie negocjacyjne podczas danego posiedzenia. Po zakończeniu prezentacji produktowych zaplanowanych na dane posiedzenie, członkowie Komisji obradują nad ustaleniami strategii cenowych oraz zagadnień koniecznych do uzgodnienia w toku poszczególnych spotkań negocjacyjnych. Po uprzedniej akceptacji uczestników posiedzenia strategia zostaje szczegółowo zapisana przez przewodniczącego Komisji - zespoły negocjacyjne są obowiązane do prowadzenia negocjacji zgodnie z ustaloną podczas posiedzenia strategią negocjacyjną. Podczas odbytych posiedzeń w ostatnim roku kalendarzowym (2023 r.), Komisja wygenerowała prawie 2950 dokumentów takich jak: uchwały, stanowiska odraczające czy przekazanie na ponowne negocjacje, co przekłada się na średnią liczbę wniosków rozpatrywanych podczas każdego posiedzenia na poziomie ok. 54. Przewodniczący i członkowie poszczególnych zespołów referują przebieg odbytych negocjacji, przedstawiając uzyskane wyniki. W każdym przypadku gdy Wnioskodawcy w okresie pomiędzy zakończeniem spotkania negocjacyjnego, a początkiem posiedzenia Komisji zlokalizują w systemie SOLR nowe pismo w sprawie zawierające w swej treści istotne informację dotyczące wyniku negocjacji, członkowie Komisji zapoznają się z jego treścią i biorą go pod uwagę dokonując głosowania. Gremium Komisji po naradzie decyduje o skierowaniu danego wniosku na ponowne negocjacje lub podjęciu uchwały. Komisja podejmuje uchwałę w drodze głosowania elektronicznego za pomocą systemu SOLR (System Obsługi List Refundacyjnych). Każdy uczestnik posiedzenia oddaje jeden głos – za, przeciw lub może wstrzymać się od głosu. W przypadku gdy w drodze głosowania uzyskano wynik ekwiwalentny za przyjęciem lub odrzuceniem wynegocjowanych warunków w stosunku do danego wniosku, przewodniczący Komisji decyduje o finalnym wyniku głosowania. Podpisana przez przewodniczącego Komisji uchwała zostaje niezwłocznie przekazana ministrowi właściwemu do spraw zdrowia. Na koniec każdego posiedzenia rozpatrywane są wolne wnioski.

Przebiegi posiedzeń Komisji są protokołowane oraz utrwalane za pomocą urządzeń elektronicznych rejestrujących dźwięk. Protokół z posiedzeń Komisji, podpisany przez przewodniczącego, zawiera m.in.:

• porządek dzienny posiedzenia;
• nazwiska i imiona obecnych członków Komisji;
• omówienie przebiegu posiedzenia;
• treść podjętych uchwał;
• liczbę głosów oddanych na poszczególne uchwały;
• uzasadnienie podjętych uchwał.