Mając na względzie wyzwania, przed którymi stoją polska medycyna i system ochrony zdrowia, konieczne jest utworzenie podmiotu wspierającego rozwój nauk medycznych oraz nauk o zdrowiu, a także przyczyniającego się do wzrostu innowacyjności polskiej medycyny.  Agencja będzie wspierała rozwój badań w dziedzinie nauk medycznych i nauk o zdrowiu oraz technologii medycznych, w tym m.in. niekomercyjnych badań klinicznych. Istotnym zadaniem Agencji będzie działalność analityczna w zakresie oceny podejmowanych decyzji zarządczych na koszty funkcjonowania systemu ochrony zdrowia. 

Agencja Badań Medycznych ma działać w trzech obszarach:
- działalność analityczna - pierwsza i podstawowa funkcją Agencji, która umożliwi Ministerstwu Zdrowia realną ocenę skutków decyzji, które wydawane są  w systemie ochrony zdrowia. Planowane są duże badanie analityczne  w zakresie oceny efektywności funkcjonowania poszczególnych elementów systemu.
- działalność grantodawcza – wspierane będą badania naukowe w dziedzinie medycyny i nauki o zdrowia. 
- rozwój badań niekomercyjnych  – ABM będzie finansowo wspierała m.in. projekty z zakresu niekomercyjnych badań klinicznych 

Konsultacje  projektu ustawy potrwają do połowy października. Agencja ma rozpocząć działalność w I kwartale 2019 r. Jej docelowy, roczny budżet to 1 mld zł.