ABM ma być wyspecjalizowaną jednostką zrzeszającą krajowych i zagranicznych ekspertów, którzy będą wspólnie pracować nad innowacyjnością polskiej medycyny. Będzie uzupełniać działania Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji, jak również Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego – Państwowego Zakładu Higieny.

Pieniądze pozyskane z działalności Agencji zostaną przeznaczone na badania, których efekty przyniosą korzyść dla pacjentów w postaci m.in. dostępu do najnowszych terapii lekowych.

Agencja będzie państwową osobą prawną nadzorowaną przez Ministra Zdrowia. Jednostką zarządzać będzie prezes powołany przez Ministra Zdrowia na 6 lat i Rada Agencji, w skład której wejdzie od 15 do 20 członków powoływanych przez szefa resortu zdrowia.   
W obecnym systemie ochrony zdrowia nie funkcjonuje wyspecjalizowana instytucja zajmująca się wspieraniem i rozwojem badań medycznych. Niekomercyjne badania kliniczne stanowią zaledwie ok. 2 proc. wszystkich badań klinicznych prowadzonych w kraju. 
Inwestycje w badania naukowe w obszarze medycyny i nauk o zdrowiu przyczynią się do wzrostu jakości wykonywanych świadczeń medycznych, a tym samym do poprawy bezpieczeństwa udzielanych świadczeń. 
Zgodnie z projektem, Agencja Badań Medycznych będzie odpowiedzialna za: 
•    tworzenie i zarządzanie programami, na podstawie których będą finansowane projekty badawcze lub rozwojowe dotyczące nauk medycznych i nauk 
o zdrowiu, w tym projekty interdyscyplinarne;
•    upowszechnianie informacji o planowanych lub ogłaszanych konkursach; 
•    ocenę wniosków i zawieranie umów z beneficjentami wyłonionymi 
w konkursach;
•    nadzór i kontrolę realizacji projektów badawczych lub rozwojowych;
•    prowadzenie własnych badań naukowych i prac rozwojowych;
•    organizację i finansowanie badań naukowych i prac rozwojowych w trybie 
ad hoc (doraźnie), w obszarach dotyczących nauk medycznych i nauk 
o zdrowiu, w tym projektów interdyscyplinarnych;
•    popularyzowanie efektów zrealizowanych zadań;
•    wspieranie przedsiębiorstw w prowadzeniu i rozwijaniu działalności innowacyjnej w dziedzinie nauk medycznych i nauk o zdrowiu. 

Agencja będzie finansowana z budżetu państwa oraz odpisu z Narodowego Funduszu Zdrowia, stanowiącego 0,3 proc. jego przychodów. Agencję dotować będą także środki unijne oraz międzynarodowe programy badawcze. 
Zgodnie z projektem, instytucjami, które będą mogły się ubiegać o dofinansowanie 
z ABM będą jednostki badawczo-rozwojowe, np. medyczne instytuty badawcze czy uczelnie medyczne. Pojawiają się więc nowe możliwości współpracy w zakresie  realizacji wspólnych badań naukowych.