W związku z opublikowanym w dniu 17 maja 2019 roku na stronie internetowej portalu Wirtualna Polska artykułem zatytułowanym „Tak urzędnicy dorabiają w ministerstwie zdrowia”, Ministerstwo Zdrowia mając na uwadze prawo Czytelników do rzetelnej informacji wyjaśnia:

Komisja Ekonomiczna jest bardzo ważnym ciałem doradczym ministra zdrowia, ponieważ na mocy ustawy o refundacji leków uczestniczy ona w postępowaniu administracyjnym  dotyczącym  objęcia  refundacją leków, wyrobów medycznych i środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego. Komisja Ekonomiczna prowadzi negocjacje cenowe z firmami farmaceutycznymi, następnie w drodze głosowania podejmuje uchwały i przekazuje je ministrowi zdrowia, w celu rozstrzygnięcia postępowania refundacyjnego. Pominięcie tego etapu uniemożliwiłoby ministrowi zdrowia wydanie decyzji o objęciu refundacją. Komisja Ekonomiczna jest więc kluczowym elementem w całym procesie.  

Komisja Ekonomiczna nie prowadzi „tajemniczej działalności, o której wiadomo niewiele’’. W Komisji Ekonomicznej zasiadają eksperci z najwyższymi kwalifikacjami oraz posiadający wieloletnie doświadczenie w obszarze lekowym.
Działania Komisji są bardzo precyzyjnie opisane w ustawie o refundacji leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobów medycznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 784). Zgodnie z treścią art. 18 ustawy refundacyjnej do zadań Komisji należy prowadzenie negocjacji z wnioskodawcą w zakresie min.: ustalenia urzędowej ceny zbytu leku; poziomu odpłatności; wskazań, w których lek, środek spożywczy specjalnego przeznaczenia żywieniowego, wyrób medyczny ma być refundowany; instrumentów dzielenia ryzyka, o których mowa w art. 11 ust. 5. oraz monitorowanie realizacji budżetu na refundację; prowadzenie działań mających na celu racjonalizację wydatków związanych z refundacją a także przedstawianie ministrowi zdrowia propozycji w tym zakresie.

Działalność Komisji Ekonomicznej monitorowana jest przez Centralne Biuro Antykorupcyjne. Każdy członek Komisji Ekonomicznej przed powołaniem go w jej skład, jak również przed każdym posiedzeniem Komisji Ekonomicznej, składa deklarację o braku konfliktu interesów zgodnie z rozporządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 15 września 2011 r. w sprawie wzoru deklaracji o braku konfliktu interesów oraz określenia wysokości wynagrodzenia członków Komisji Ekonomicznej  (Dz.U. Nr 206, poz. 1226). Oświadczenia te monitorowane są także przez CBA.