Zgodnie z art. 22 ustawy o refundacji działalność Komisji Ekonomicznej jest finansowana z budżetu państwa ze środków pozostających w dyspozycji ministra właściwego do spraw zdrowia.

Poszczególnym członkom Komisji Ekonomicznej przysługuje wynagrodzenie za udział w posiedzeniach Komisji lub negocjacjach w wysokości nieprzekraczającej 3500 zł za udział w każdym posiedzeniu Komisji lub każdych negocjacjach, jednak miesięcznie nie więcej niż trzykrotność przeciętnego miesięcznego wynagrodzenia w gospodarce narodowej w poprzednim roku kalendarzowym, ogłaszanego corocznie przez Prezesa Głównego Urzędu Statystycznego, w drodze obwieszczenia, w Dzienniku Urzędowym Rzeczypospolitej Polskiej ,,Monitor Polski'' (art. 22 ust. 2 ustawy o refundacji).

Aktualne obwieszczenie Prezesa Głównego Urzędu Statystycznego z dnia 16 lutego 2024 r.
w sprawie przeciętnego wynagrodzenia miesięcznego w gospodarce narodowej w 2023 r. i w drugim półroczu 2023 r. znajduje się na następującej stronie BIP Głównego Urzędu Statystycznego: https://stat.gov.pl/sygnalne/komunikaty-i-obwieszczenia/lista-komunikatow-i-obwieszczen/obwieszczenie-w-sprawie-przecietnego-wynagrodzenia-miesiecznego-w-gospodarce-narodowej-w-2023-r-i-w-drugim-polroczu-2023-r-,276,11.html

W przypadku podróży służbowej członkom Komisji przysługuje zwrot kosztów podróży na zasadach określonych w przepisach dotyczących zasad ustalania oraz wysokości należności przysługujących pracownikowi zatrudnionemu w państwowej lub samorządowej jednostce budżetowej (art. 22 ust. 3 ustawy o refundacji).

Należy mieć też na uwadze, że na podstawie art. 23 ust. 1 ustawy o refundacji Minister Zdrowia wydał rozporządzenie, w którym doprecyzował zasady wynagradzania poszczególnych członków Komisji za udział w każdym posiedzeniu lub każdych negocjacjach, w sprawach, o których mowa w art. 18 ust. 1 i 2 ustawy [rozporządzenie Ministra Zdrowia w sprawie wzoru deklaracji o braku konfliktu interesów oraz określenia wysokości wynagrodzenia członków Komisji Ekonomicznej (Dz. U. z 2023 r. poz. 2358)].

W przedmiotowym rozporządzeniu wskazano jakie wynagrodzenie za udział w każdym posiedzeniu Komisji lub każdych negocjacjach, w sprawach, o których mowa w art. 18 ust. 1 i 2 ustawy przysługuje poszczególnym członkom komisji w zależności od ich stanowiska, a co za tym idzie specyfiki wykonywanych zadań.

Przewidziano w nim następujący poziom wynagrodzeń za udział w posiedzeniu lub negocjacjach:

1) dla przewodniczącego Komisji - 3000,00 zł,

2) dla zastępcy przewodniczącego Komisji - 2700,00 zł w przypadku:

a) nieobecności przewodniczącego Komisji;
b) odwołania albo rezygnacji z pełnionej funkcji przez przewodniczącego Komisji;
c) zaistnienia innych okoliczności uniemożliwiających przewodniczącemu Komisji osobiste wykonywanie powierzonej funkcji.

3) dla sekretarza Komisji - 2700,00 zł,

4) dla zastępcy przewodniczącego Komisji, w przypadkach innych niż wskazane w pkt 2, oraz dla pozostałych członków Komisji - 2500,00 zł

- z uwzględnieniem miesięcznego limitu wynagrodzenia, o którym mowa w art. 22 ust. 2 ustawy.