Po stronie polskiej program będzie realizowany na terenie województwa zachodniopomorskiego. Po stronie niemieckiej program obejmie powiaty meklemburskie: Vorpommern-Greifswald, Vorpommern-Rügen i Mecklenburgische Seenplatte oraz powiaty brandenburskie: Uckermark, Barnim i Märkisch-Oderland.  

Instytucją Zarządzającą programem jest Ministerstwo Gospodarki, Pracy i Zdrowia Kraju Związkowego Meklemburgia-Pomorze Przednie. Głównym partnerem po stronie polskiej jest Ministerstwo Funduszy i Polityki Regionalnej będące Koordynatorem Programu Interreg. W Brandenburgii program jest koordynowany przez Ministerstwo Finansów i Spraw Europejskich Kraju Związkowego Brandenburgia. Projekty będą realizowane w polsko-niemieckim partnerstwie i powinny mieć charakter transgraniczny.

Projekt programu Interreg Meklemburgia-Pomorze Przednie-Brandenburgia-Polska 2021-2027 opracował polsko-niemiecki Komitet Programujący. W jego skład wchodzą z obu stron granicy przedstawiciele: regionów, euroregionów, partnerzy społeczni i gospodarczy oraz reprezentujący społeczeństwo obywatelskie.