W 2023 r. Departament Współpracy Terytorialnej Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej działając jako Instytucja Zarządzająca lub Instytucja Krajowa przeprowadził między innymi następujące kontrole w programach z perspektywy 2014-2020:

1. Kontrola systemowa nr 350 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu w Programie Interreg Polska-Słowacja 2014-2020,
2. Kontrola systemowa nr 355 przeprowadzona u Wojewody Śląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Polska-Słowacja 2014-2020,
3. Kontrola systemowa nr 358 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu w Programie Interreg Południowy Bałtyk 2014-2020
4. Kontrola systemowa nr 361 przeprowadzona u Wojewody Zachodniopomorskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Południowy Bałtyk 2014-2020,
5. Kontrola systemowa nr 364 przeprowadzona u Wojewody Warmińsko-Mazurskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Południowy Bałtyk 2014-2020,
6. Kontrola systemowa nr 369 przeprowadzona u Wojewody Dolnośląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Współpracy Transgranicznej Interreg VA Republika Czeska-Polska 2014-2020,
7. Kontrola systemowa nr 370 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu Technicznego i Krajowego Punktu Kontrolnego w Programie Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa Polska-Rosja 2014-2020,
8. Kontrola systemowa nr 375 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu Technicznego i Krajowego Punktu Kontrolnego w Programie Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa Polska-Białoruś-Ukraina 2014-2020,
9. Kontrola systemowa nr 379 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Krajowego Kontrolera w programach transnarodowych 2014-2020,
10. Kontrola systemowa nr 383 przeprowadzona u Wojewody Dolnośląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Polska-Saksonia 2014-2020,
11. Kontrola systemowa nr 392 przeprowadzona u Wojewody Zachodniopomorskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Niemcy/Meklemburgia-Pomorze Przednie/Brandenburgia-Polska 2014-2020,
12. Kontrola systemowa nr 393 przeprowadzona u Wojewody Podkarpackiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Polska-Słowacja 2014-2020,
13. Kontrola systemowa nr 394 przeprowadzona u Wojewody Opolskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Czechy-Polska 2014-2020,