W 2023 r. Departament Współpracy Terytorialnej Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej działając jako Instytucja Zarządzająca lub Instytucja Krajowa przeprowadził między innymi następujące kontrole w programach z perspektywy 2021-2027:

1. Kontrola systemowa nr 1 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Krajowego Kontrolera w programach transnarodowych 2021-2027,
2. Kontrola systemowa nr 2 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu w Programie Interreg Polska-Słowacja 2021-2027,
3. Kontrola systemowa nr 3 przeprowadzona w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu w Programie Interreg NEXT Polska-Ukraina 2021-2027,
4. Kontrola systemowa nr 4 przeprowadzona u Wojewody Dolnośląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Polska-Saksonia 2021-2027,
5. Kontrola systemowa nr 5 przeprowadzona u Wojewody Dolnośląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Republika Czeska-Polska 2021-2027,
6. Kontrola systemowa nr 7 przeprowadzona u Wojewody Opolskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Czechy-Polska 2021-2027,
7. Kontrola systemowa nr 8 przeprowadzona u Wojewody Podkarpackiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg NEXT Polska-Ukraina 2021-2027,
8. Kontrola systemowa nr 9 przeprowadzona u Wojewody Zachodniopomorskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Południowy Bałtyk 2021-2027,
9. Kontrola systemowa nr 10 przeprowadzona u Wojewody Podkarpackiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera Programie Interreg Polska-Słowacja 2021-2027.