Jednym z głównych powodów decyzji Ministra było niewywiązanie się przez dyrektora z jednego z podstawowych obowiązków statutowych - stworzenia i realizacji strategii instytucji kultury, co uniemożliwiło realizację statutowych zadań Zachęty – upowszechniania sztuki współczesnej we wszystkich jej aktualnych przejawach, traktowanej jako istotny element kultury i życia społecznego.

Odwołany dyrektor nie zrealizował programowych zobowiązań dotyczących strategii promocji artystów polskich za granicą, przy których to działaniach miał współdziałać z Radą Programową oraz gronem ekspertów. Wśród uchybień dotyczących promocji sztuki polskiej wymienić należy rezygnację z funduszy europejskich i planowanej współpracy bilateralnej z Kunstmuseum w Trondheim. Wbrew zobowiązaniu deklarowanemu w Programie merytoryczno – organizacyjnym zatrudnieni w Instytucji kuratorzy nie brali udziału w budowaniu programu wystawienniczego, co skutkowało ograniczeniem perspektywy priorytetów programowych.

Dyrektor nie dopełnił też obowiązku wnioskowania o powołanie Rady Programowej, statutowego organu Zachęty, a zaniechanie powołania komisji ekspertów znacząco obniżyło poziom merytoryczny projektów. Strategiczna i programowa współpraca z innymi instytucjami kultury podejmowana była incydentalnie i nie spełniła założenia ani „wieloletniego planu wspólnych działań, np. wielkich ogólnopolskich projektów wystawienniczych” ani „nowych formatów stypendialnych.

W efekcie tych i wielu innych zaniechań nie zostało  zrealizowane zobowiązanie programowe o wzmocnieniu roli Zachęty – Narodowej Galerii Sztuki jako kluczowej instytucji kultury w obszarze sztuk wizualnych poprzez realizację priorytetów programowych zakładających „wykreowanie nowej dynamiki artystycznej poprzez różnorodne cykliczne formaty wystawiennicze”.

Dyrektor nie wywiązywał się z obowiązku sprawozdawczości, co skutkowało brakiem możliwości rzetelnej oceny działalności zarówno instytucji kultury, jak i samego Dyrektora i utrudniało sprawowanie ustawowego nadzoru ministra i ocenę realizacji przez Zachętę zadań publicznych.

Przed podjęciem decyzji o odwołaniu dyrektora Zachęty, Minister zasięgnął opinii Komisji Zakładowej OZZ Inicjatywa Pracownicza przy Zachęcie Narodowej Galerii sztuki, Obywatelskiego Forum Sztuki Współczesnej, Polskiego Komitetu Narodowego Międzynarodowej Rady Muzeów ICOM, Sekcji Polskiej Międzynarodowego Stowarzyszenia Krytyków Sztuki AICA oraz Związku Polskich Artystów Plastyków. Żadna z przedstawionych opinii nie zakwestionowała zamiaru Ministra o odwołaniu Janusza Stanisława Janowskiego z funkcji Dyrektora Zachęty Narodowej Galerii Sztuki.