Muzeum Narodowe w Krakowie zostało ustanowione uchwałą z 7 października 1879 r. Od początku nosiło nazwę Muzeum Narodowe. Zbiory miały i nadal zachowały charakter artystyczno-historyczny.

W czasie II wojny światowej niemieckie władze traktowały muzeum jako składnicę przedmiotów służących do dekoracji urzędów i wnętrz oraz mieszkań najważniejszych dygnitarzy niemieckich Generalnego Gubernatorstwa. W ten sposób „wypożyczano” zabytkowe meble, cenne tkaniny, militaria i przedmioty rzemiosła artystycznego. Najpoważniejsze straty muzeum poniosło w zbiorach malarstwa i grafiki. Dzięki stanowczej postawie dyrekcji muzeum, a zwłaszcza dyrektora Feliksa Kopery, władze hitlerowskie wystawiały „rewersy” na zabrane obiekty. Łączną wartość strat wojennych muzeum oszacowano w 1945 r. na kwotę 3 mln 200 tys., co stanowiło 1/10 wartości zbiorów w roku 1939. Lista strat wojennych Muzeum Narodowego w Krakowie liczy obecnie 1003 pozycje. Oprócz zbiorów muzeum poniosło również straty w zarekwirowanych i zniszczonych budynkach: kamienicy Szołayskich, Sukiennicach, oddziale zbiorów im. Erazma Barącza oraz w Gmachu Głównym, całkowicie przebudowanym na potrzeby kasyna dla żołnierzy Wehrmachtu.

Do najcenniejszych strat wojennych muzeum zalicza się:

• Walka karnawału z postem, Pieter Brueghel mł. (1564– 1638), olej na desce, 116 × 162 cm, nr w bazie strat wojennych: 5471;
• Kobierzec anatolijski, tzw. siedmiogrodzki z medalionem czerwonym, XVII w., 118 × 162 cm, nr w bazie strat wojennych: 494;
• Tryptyk z Lusiny: pole środkowe Św. Rodzina (184 × 139 cm) oraz skrzydło prawe Zaśnięcie N. P. Marii, Scena z legendy o Teofilu z Adany (184 × 68,5 cm), warsztat Wita Stwosza, drewno, płaskorzeźba z pierwotną polichromią, nr w bazie strat wojennych: 409;
• Misa kościelna ze sceną Zwiastowania na dnie, na otoku napis gotycki, XVI w., brąz, wys. 54 cm, ø 37,4 cm, nr w bazie strat wojennych: 450.

Dzięki staraniom MKiDN udało się odzyskać m.in. obraz Zima w małym miasteczku Maksymiliana Gierymskiego z 1872 r.