Diagnoza działalności Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w ostatnich latach wskazała na występowanie szeregu niekorzystnych zjawisk wpływających na bieżące funkcjonowanie Narodowego Funduszu i jego perspektywy rozwojowe.
Narodowy Fundusz został wprowadzony mniej lub bardziej świadomie w pięć „pułapek”. Zidentyfikowano występowanie pułapki finansowania dotacyjnego, która wskazuje na zachwianie równowagi w finansowaniu ochrony środowiska wynikające z utrzymywania wysokiego udziału dotacji w strukturze finansowania ochrony środowiska, ograniczającego przyszłe możliwości generowania dodatkowych środków na finansowanie ochrony środowiska i podważającego efektywność funkcjonowania Narodowego Funduszu. Obserwowane było znaczne zaangażowanie Narodowego Funduszu w finansowanie zadań za budżet państwa, rozwiązujące przejściowo problemy ze sfinansowaniem przedsięwzięć, w miejsce poszukiwania rozwiązań docelowych opartych o finansowanie ze środków zagranicznych, bądź też budżetowych. Problemem stało się utrzymanie równowagi w zarządzaniu środkami gromadzonymi w ramach tzw. zobowiązań wieloletnich, dla których regulacje prawne ograniczają możliwość rozdysponowania środków poza cele wynikające z przepisów dla danego „zobowiązania wieloletniego”. Wiele elementów do zmiany jest również w funkcjonowaniu kontroli zarządczej w takich obszarach jak informatyzacja Narodowego Funduszu, ewidencja efektów środowiskowych, refundowanie kosztów związanych z wdrażaniem projektów realizowanych w udziałem środków zagranicznych, nadzór właścicielski nad BOŚ S.A. oraz stan regulacji wewnętrznych NFOŚIGW.
Odpowiedź na te niekorzystne zjawiska, a także wnioski i rekomendacje wynikające z wdrażania Strategii działania Narodowego Funduszu na lata 2013‑2016, stały się podstawą do określenia misji i planu strategicznego na lata 2017‑2020. W ramach niego Narodowy Fundusz, jako Instytucja Wdrażająca wielu programów finansowanych ze środków zagranicznych, będzie dysponował w perspektywie do 2023 r. środkami zagranicznymi o wartości przekraczającej 20 mld zł. Wolumen dostępnych środków przyczyni się do realizacji przedsięwzięć w obszarach:
- adaptacji do zmian klimatu i gospodarki wodnej;
- ochrony powietrza;
- ochrony wód;
- geologii, górnictwa i gospodarki o obiegu zamkniętym, w tym gospodarowania odpadami;
- różnorodności biologicznej.
Celami horyzontalnymi realizowanymi w każdym z wyżej wymienionych obszarów będą:
- poprawa stanu środowiska poprzez wsparcie realizacji zobowiązań środowiskowych;
- pełne wykorzystanie środków pochodzących z Unii Europejskiej niepodlegających zwrotowi przeznaczonych na ochronę środowiska i gospodarkę wodną;
- wdrażanie innowacji z zakresu ochrony środowiska i gospodarki wodnej, poprawy efektywności energetycznej i wykorzystania energii z odnawialnych źródeł energii, gospodarki o obiegu zamkniętym (w tym ocen cyklu życia – ang. LCA), wspieranie uzasadnionej ekonomicznie niskoemisyjności gospodarki i społeczeństwa oraz tworzenie warunków do powstawania zielonych miejsc pracy, rozwoju nowych technik i technologii służących między innymi racjonalnej gospodarce zasobami naturalnymi, zapobiegania powstawaniu lub ograniczenie emisji do środowiska;
- edukacja na rzecz zrównoważonego rozwoju;
- zrównoważone, efektywne korzystanie z zasobów, w tym z surowców pierwotnych.”