Misją Departamentu Nadzoru i Kontroli jest dostarczanie Prezesowi Rady Ministrów i Szefowi Kancelarii Prezesa Rady Ministrów propozycji zmian w zakresie organizacji struktur państwa, podziału zadań publicznych oraz efektywnego ich realizowania, przygotowywanych na podstawie ocen działalności skontrolowanych organów i jednostek.

Informacje dostarczone w wyniku kontroli, w tym kontroli koordynowanych, są podstawą interwencji w celu skorygowania bądź usprawnienia funkcjonowania administracji rządowej. Wiarygodność i kompletność uzyskanych informacji pozwala na ich bezpośrednie wykorzystanie przy podejmowaniu decyzji wpływających na funkcjonowanie państwa.

Uzyskiwanie informacji w trybie nadzoru służy wspieraniu kierownictwa KPRM w realizacji celów i odbywa się poprzez ocenę jednostek podległych i nadzorowanych w drodze gromadzenia i analizowania informacji zarówno w toku systematycznego nadzoru, jak i działań interwencyjnych.