Zarządzanie siecią
Polska sieć Natura 2000 składa się obecnie z 987 obszarów. Organami kluczowymi w zarządzaniu siecią są Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska oraz regionalni dyrektorzy ochrony środowiska. Istotną rolę odgrywają także dyrektorzy parków narodowych, dyrektorzy urzędów morskich oraz nadleśnictwa.
Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska nadzoruje funkcjonowanie obszarów Natura 2000, prowadząc ewidencję danych niezbędnych do podejmowania działań w zakresie ich ochrony. Nadzór ten polega na wydawaniu zaleceń i wytycznych w zakresie ochrony i funkcjonowania obszarów Natura 2000, określaniu zakresu i żądaniu informacji dotyczących ochrony i funkcjonowania obszarów Natura 2000, a także kontroli realizacji ustaleń planów ochrony i planów zadań ochronnych obszarów Natura 2000.
Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Lublinie koordynuje funkcjonowanie obszarów Natura 2000 na obszarze województwa lubelskiego, a także jest organem sprawującym nadzór nad tymi obszarami.
Ponadto sprawującymi nadzór nad poszczególnymi obszarami są dyrektorzy parków narodowych (dotyczy to tych obszarów, które obejmują w całości lub w części teren parku narodowego) oraz dyrektorzy urzędów morskich w odniesieniu do tych obszarów Natura 2000 lub ich części, które znajdują się na obszarach morskich.
Rozkład kompetencji i odpowiedzialności ma służyć podejmowaniu skutecznych działań oraz utrzymaniu właściwego stanu siedlisk i przywracania odpowiedniego stanu na obszarach Natura 2000.
Istotnym instrumentem zarządzania obszarami Natura 2000 jest system ocen oddziaływania na środowisko oraz planowanie ochrony.
Każdy obszar Natura 2000 musi posiadać dokument planistyczny w postaci planu zadań ochronnych lub planu ochrony. Sporządza je odpowiednio regionalny dyrektor ochrony środowiska, dyrektor parku narodowego lub urzędu morskiego.
Plany zadań ochronnych ustanawiane są w formie zarządzeń wydawanych przez regionalnych dyrektorów ochrony środowiska, a plan ochrony ustanawia rozporządzeniem Minister Środowiska.