Wszystkie czynności prowadzone w uprawach IP muszą być dokumentowane w notatniku integrowanej produkcji roślin, którego wzór jest określony w rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 24 czerwca 2013 r. w sprawie dokumentowania działań związanych z integrowaną produkcją roślin (Dz. U. poz. 788 z późn. zm.).

Sprawdzeniu pod kątem zgodności prowadzenia upraw ze szczegółowymi metodykami podlegają notatniki producentów, którzy złożyli wniosek o wydanie certyfikatu. Prowadzenie notatnika zwalnia producenta z obowiązku prowadzenia ewidencji zabiegów dla zgłoszonej uprawy, ponieważ wszystkie wymogi w tym zakresie, określone rozporządzeniem Parlamentu Europejskiego i Rady (WE) nr 1107/2009 z dnia 21 października 2009 r. dotyczącego wprowadzania do obrotu środków ochrony roślin i uchylającego dyrektywy Rady 79/117/EWG i 91/414/EWG (Dz. Urz. UE L 309 z 24.11.2009, str. 1, z późn. zm.) i ustawą o ośrodkach ochrony roślin są spełnione. W takim przypadku producent obowiązany jest przechowywać notatnik przez okres 3 lat.