Każdy fundusz jest zarządzany przez komisję zarządzającą składającą się z 9 członków (5 przedstawicieli producentów produktów rolno-spożywczych właściwych dla danego funduszu, 3 przedstawicieli przetwórców produktów rolno-spożywczych właściwych dla danego funduszu oraz 1 przedstawiciela Krajowej Rady Izb Rolniczych).

Kadencja członków komisji zarządzających trwa 4 lata. Do zadań komisji zarządzających należy m.in.:

• reprezentowanie interesów branż, których dotyczą fundusze promocji, wobec ministra właściwego do spraw rynków rolnych, innych organów administracji publicznej w zakresie zarządzania funduszem promocji właściwym dla danej branży;
• ustalanie zasad gospodarowania środkami finansowymi danego funduszu promocji określających przede wszystkim szczegółowe warunki i tryb przedkładania propozycji programów oraz działań;

• opracowywanie planu finansowego funduszu;
• sporządzanie sprawozdania rzeczowego funduszu;
• uchwalanie regulaminu danej komisji;
• opracowywanie strategii promocji dla branż, których dotyczą fundusze promocji.

W związku z aktualnymi zasadami i ograniczeniami w organizowaniu spotkań, w związku z Covid-19, akty powołania członków komisji zarządzających poszczególnych funduszy promocji produktów rolno-spożywczych, zostały wysyłane drogą pocztową na adresy organizacji, które zgłosiły kandydatów na członków komisji zarządzającej danego funduszu.