Jednak należy podkreślić, że samo złożenie wniosku o dofinansowanie rozpoczyna jedynie procedurę jego weryfikacji. Może ona trwać do 90 dni. W przypadku pozytywnego rozpatrzenia wniosku Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej może zawrzeć umowę dotacji z wnioskodawcą. Dopiero na podstawie zawartej umowy dotacji beneficjent uprawniony jest do złożenia wniosku o płatność do właściwego WFOŚiGW. Na jego podstawie mogą dopiero zostać przekazane środki finansowe. Z uwagi zatem na procedurę przyznawania pomocy oraz fakt udostępnienia beneficjentom środków zupełnie chybionym jest wniosek, jakoby samo złożenie wniosku o dofinansowanie skutkowało koniecznością zapłaty podatku PIT.

Ze względu na procedurę rozpatrywania wniosków, wypłaty w ramach Programu Priorytetowego Czyste Powietrze możliwe będą w 2019 r. Wówczas będzie obowiązywało przedmiotowe zwolnienie dotacji z podatku, nad którym prowadzone są obecnie zaawansowane prace legislacyjne. Resort środowiska w ramach kampanii informacyjno-promocyjnej informował o planowanych zmianach przepisów mających na celu zwolnienie udzielonej dotacji z podatku dochodowego od osób fizycznych.