Współpraca międzynarodowa Ministerstwa Zdrowia z organizacjami międzynarodowymi skupia się przede wszystkim na współpracy ze Światową Organizacją Zdrowia, ale także innymi organizacjami, programami i wyspecjalizowanymi agendami ONZ zajmującymi się kwestami zdrowotnymi (które niekiedy łączone są z prawami człowieka oraz kwestiami polityki rozwojowej) oraz Organizacją Współpracy Gospodarczej i Rozwoju, Radą Europy oraz Partnerstwem Wymiaru Północnego w Dziedzinie Zdrowia i Opieki Społecznej.

Celem tej współpracy jest poprawa zdrowia stanu i bezpieczeństwa zdrowotnego obywateli, m.in. poprzez:

• formułowanie programów zdrowotnych z wykorzystaniem sprawdzonych rozwiązań z innych krajów (dotyczących np. zwalczania chorób niezakaźnych, zakaźnych, promocji zdrowia);
• odpowiednie kształtowanie polityki Rządu RP uwzględniającej międzynarodowe strategie w zakresie ochrony zdrowia (np. Zdrowie 2020);
• współpracę w zwalczeniu zagrożeń epidemiologicznych w wymiarze transgranicznym;
• współpracę w zakresie tworzenia międzynarodowych baz danych i raportów wykorzystywanych w projektowaniu zmian polskiego systemu ochrony zdrowia;
• realizowanie zobowiązań Polski wynikających z prawa międzynarodowego (konwencji opracowanych w ramach ONZ lub Rady Europy).

Współpraca międzynarodowa ma wymiar techniczny (uczestnictwo w spotkaniach komitetów roboczych, raportowanie, dzielenie się doświadczeniami i wykorzystywanie najlepszych rozwiązań międzynarodowych, udział ekspertów w specjalistycznych szkoleniach) oraz polityczny (uczestnictwo w wybranych spotkaniach wysokiego szczebla o charakterze strategicznym).