Jednym z największych osiągnięć Rady Europy jest budowa silnego systemu ochrony praw człowieka w postaci Europejskiej Konwencji Praw Człowieka i stojącego na jej straży Europejskiego Trybunału Praw Człowieka (ETPC). Każde państwo członkowskie Rady Europy zobowiązane jest do ratyfikacji Konwencji i uznania jurysdykcji ETPC. 

Istotną cechą Trybunału jest możliwość rozpatrywania przez niego skarg indywidualnych, tj. składanych przez osoby fizyczne, na władze państwowe. Trybunał rozpatruje również skargi składane przez poszczególne rządy.

Polska jest członkiem Rady Europy od 26 listopada 1991 r. a stroną Konwencji od 19 stycznia 1993 r. Jurysdykcję Trybunału i prawo do skargi do organów działających na podstawie Konwencji uznała od 1 maja 1993 r. 

Komitet Ministrów (KM)

Jest organem decyzyjnym Rady Europy. W jego skład wchodzą ministrowie spraw zagranicznych wszystkich państw członkowskich. Na szczeblu ministerialnym Komitet Ministrów zbiera się raz do roku w maju, natomiast bieżącą działalnością organizacji kieruje Komitet Delegatów Ministrów (KDM) zbierający się na cotygodniowych posiedzeniach w Strasburgu. Ministrów spraw zagranicznych reprezentują w nim Ambasadorowie – Stali Przedstawiciele akredytowani przy Radzie Europy. 

Zgromadzenie Parlamentarne (ZPRE)

Zasiada w nim 648 przedstawicieli parlamentów krajowych (324 członków oraz taka sama liczba zastępców), a liczba delegatów zależna jest od liczby mieszkańców danego państwa. Skład delegacji powinien odzwierciedlać układ polityczny panujący w parlamencie kraju macierzystego. Delegaci działają w Zgromadzeniu Parlamentarnym według przynależności partyjnej. ZPRE zbiera się na czterech sesjach plenarnych w ciągu roku. Monitoruje stan przestrzegania przez państwa członkowskie ich zobowiązań w zakresie przestrzegania praw człowieka i demokracji. Dużą część prac ZPRE stanowią też sprawy społeczne. 

Kongres Władz Lokalnych i Regionalnych (KWLR)

Organ doradczy Komitetu Ministrów, reprezentujący władze lokalne i regionalne państw Rady Europy. Liczy 648 członków (324 członków oraz 324 zastępców), posiadających mandat pochodzący z wyborów regionalnych lub lokalnych. Główną rolą Kongresu jest promocja demokracji lokalnej i regionalnej oraz wzmacnianie znaczenia samorządu terytorialnego. 

Konferencja międzynarodowych organizacji pozarządowych (INGOs)

Organ reprezentujący społeczeństwo obywatelskie państw Rady Europy. W jej skład wchodzi ponad 320 międzynarodowych organizacji pozarządowych.  Konferencja angażuje organizacje pozarządowe w działania Organizacji oraz tworzy ramy do ich dialogu z rządami, parlamentarzystami i władzami lokalnymi. Konferencja wzmacnia głos społeczeństwa obywatelskiego na forum europejskim i międzynarodowym. 

Organy Rady Europy wspierane są przez Sekretariat, na czele którego stoi Sekretarz Generalny Rady Europy, który odpowiada za bieżące funkcjonowanie organizacji, stoi na czele i kieruje pracą Sekretariatu Generalnego RE. Jest on także jednym z przedstawicieli Rady Europy w stosunkach zewnętrznych. Aktualnie Sekretarzem Generalnym jest wybrana w 2019 r. Chorwatka Marija Pejčinović Burić.

Ponadto, Rada Europy posiada kilka mechanizmów monitoringowych, działających na podstawie szczegółowych konwencji RE, ewentualnie na podstawie uchwał Komitetu Ministrów lub w formie porozumień częściowych. Komitety te badają prawo i praktykę państw członkowskich w danym obszarze, przedstawiają raporty i rekomendacje. Organami monitoringowymi o szczególnym charakterze są wspomniany wyżej Europejski Trybunał Praw Człowieka oraz Komisarz Praw Człowieka.

Komisarz Praw Człowieka

Niezależny organ Rady Europy, którego zadaniem jest promowanie poszanowania praw człowieka oraz wiedzy na ich temat w państwach Rady Europy. Komisarz prowadzi monitoring poszanowania praw człowieka w 47 państwach członkowskich Rady Europy. W tym celu regularnie odwiedza poszczególne państwa, organizuje też wizyty ad hoc w celu zbadania określonego problemu. W trakcie tych wizyt Komisarz spotyka się z władzami, jak również z organizacjami pozarządowymi. Odwiedza miejsca, które są szczególnie narażone na występowanie naruszeń praw człowieka (placówki penitencjarne, obozy uchodźców, domy dziecka, izby wytrzeźwień, osiedla romskie itd.). Po zakończeniu wizyty Komisarz przedstawia raport, w którym przedstawia swoje oceny dotyczące stanu praw człowieka w danym państwie, wnioski i rekomendacje. Rząd ma prawo przedstawić swą odpowiedź. Oprócz wizyt w państwach członkowskich Rady Europy, Komisarz publikuje także analizy i opinie o charakterze ogólnym. Są one poświęcone różnym problemom z zakresu praw człowieka, które występują w szeregu krajów europejskich.

Od 1 kwietnia 2018 r. funkcję Komisarza pełni Dunja Mijatović z Bośni i Hercegowiny.