W okresie od czerwca 2021 r. do marca 2022 r. Departament Współpracy Terytorialnej Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej działając jako Instytucja Zarządzająca lub Instytucja Krajowa przeprowadził między innymi następujące kontrole:

1. Kontrola systemowa nr 240 przeprowadzona w dniach 4-30 czerwca 2021 r. u Wojewody Dolnośląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Polska-Saksonia 2014-2020
2. Kontrola systemowa nr 242 przeprowadzona w dniach 27 lipca – 30 września 2021 r. w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu Technicznego i Krajowego Punktu Kontrolnego w Programie Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa Polska-Białoruś-Ukraina 2014-2020
3. Kontrola systemowa nr 243 przeprowadzona w dniach 19 lipca – 6 września 2021 r. w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu Technicznego i Krajowego Punktu Kontrolnego w Programie Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa Polska-Rosja 2014-2020
4. Kontrola systemowa nr 250 przeprowadzona w dniach 27 września – 4 października 2021 r. w Centrum Projektów Europejskich pełniącym funkcję Krajowego Kontrolera w Programach Interreg Europe, Central Europe, Urbact III i Baltic Sea Region 2014-2020
5. Kontrola systemowa nr 253 przeprowadzona w dniach 22 – 30 września 2021 r. u Wojewody Śląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Czechy-Polska 2014-2020
6. Kontrola nr 254 przeprowadzona w dniach 28 października – 5 listopada 2021 r. w zakresie wykonywania przez Centrum Projektów Europejskich kontroli krzyżowych za okres III kwartał 2020 r. – II kwartał 2021 r. służących zapewnieniu, że wydatki ponoszone w projektach nie są podwójnie finansowane, polegających na:

• kontroli krzyżowej w ramach programów Współpracy Interreg 2014-2020: Polska-Słowacja, Polska-Saksonia, Południowy Bałtyk,
• kontroli krzyżowej horyzontalnej programów Współpracy Interreg 2014-2020: Polska-Słowacja, Polska-Saksonia, Południowy Bałtyk z Programem Rozwój Obszarów Wiejskich 2014-2020 i Programem Operacyjnym Rybactwo i Morze.

7. Kontrola systemowa nr 255 przeprowadzona w dniach 8-10 listopada 2021 r. u Wojewody Pomorskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera Programu Interreg Południowy Bałtyk 2014-2020
8. Kontrola systemowa nr 259 przeprowadzona w dniach 22 listopada – 22 grudnia 2021 r. u Wojewody Śląskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Polska-Słowacja 2014-2020
9. Kontrola systemowa nr 263 przeprowadzona w dniach 1 – 28 lutego 2022 r. u Wojewody Warmińsko-Mazurskiego pełniącego funkcję Krajowego Kontrolera w Programie Interreg Litwa-Polska 2014-2020
10. Kontrola systemowa nr 297 przeprowadzona w dniach 15 – 31 marca 2022 r. w Centrum Projektów Europejskim pełniącym funkcję Wspólnego Sekretariatu Technicznego w Programie Interreg Polska-Słowacja 2014-2020