1. Departament Kontroli (DK) odpowiada za realizację zadań związanych z kontrolą.
2. Do zadań Departamentu należy w szczególności:

• prowadzenie kontroli planowych i doraźnych komórek organizacyjnych;
• prowadzenie kontroli planowanych i doraźnych:

a)    organów i jednostek, o których mowa w § 2,
b)    jednostek podległych organom, o których mowa w § 2 ust. 1, lub przez nie nadzorowanych,
c)    podmiotów, które otrzymały środki budżetowe z części budżetu państwa, których dysponentem jest Minister,
d)    podmiotów, które wykonują zadania zlecone z zakresu administracji rządowej, a nadzór nad ich wykonywaniem sprawuje Minister,
e)    instytucji certyfikujących, o których mowa w ustawie z dnia 22 grudnia 2015 r. o Zintegrowanym Systemie Kwalifikacji;

• koordynacja działań związanych z kontrolami zewnętrznymi prowadzonymi w Ministerstwie;
• współpraca z organami kontroli zewnętrznej w zakresie przeprowadzanych kontroli;
• koordynacja, analiza i monitorowanie rozpatrywania skarg, wniosków i petycji;
• koordynacja działań nadzorczych nad instytutami badawczymi;
• zapewnienie pracownikom Ministerstwa doradztwa w zakresie etyki;
• realizacja zadań związanych z pełnieniem funkcji koordynatora realizacji Rządowego Programu Przeciwdziałania Korupcji na lata 2018-2020.

3. W strukturze Departamentu znajduje się funkcjonalnie niezależna i wyodrębniona komórka audytu wewnętrznego, wykonująca zadania w zakresie audytu wewnętrznego celem wspierania Ministra w realizacji jego celów i zadań, w tym zapewniająca obsługę organizacyjną Komitetu Audytu i prowadząca działania mające na celu jego wsparcie.