W 2025 r. nowością w funkcjonowaniu FRPA jest 5 proc. rezerwa, możliwa do uruchomienia w przypadku, gdy kwota środków wynikająca ze złożonych przez organizatorów wniosków o objęcie dopłatą przewozów autobusowych przekroczy limit środków przyznanych dla danego województwa. W takim przypadku wojewoda będzie mógł złożyć wniosek o przekazanie środków z rezerwy. O dodatkowe środki będzie można wnioskować począwszy od 1 stycznia 2025 r. Wnioski realizowane będą według kolejności wpływu do dysponenta Funduszu (ministra właściwego do spraw transportu), aż do wyczerpania środków z rezerwy wynoszącej 50 mln zł.

W przypadku wyczerpania się środków z rezerwy dysponent Funduszu będzie mógł polecić wojewodom przeprowadzenie analizy zaangażowania środków przewidzianych na województwo, na dofinansowanie realizacji zadań własnych organizatorów dotyczących zapewnienia funkcjonowania publicznego transportu zbiorowego w zakresie przewozów autobusowych o charakterze użyteczności publicznej. Pozwoli to na ustalenie kwoty niezaangażowanych środków w poszczególnych województwach oraz ich podział pomiędzy województwa, w których  zabrakło środków, proporcjonalnie do zgłoszonego zapotrzebowania. Następnie dysponent Funduszu niezwłocznie przekaże wojewodom informację o kwocie dodatkowych środków na dofinansowanie linii komunikacyjnych.