Joanna Kopczyńska od stycznia 2021 roku pracowała na stanowisku zastępcy dyrektora ds. Państwowej Służby Bezpieczeństwa Budowli Piętrzących w Instytucie Meteorologii i Gospodarki Wodnej – Państwowym Instytucie Badawczym. Wcześniej była m.in. przewodniczącą Polskiej Delegacji do Komisji Ochrony Środowiska Morskiego Bałtyku (HELCOM) oraz przewodniczącą Międzynarodowej Komisji Ochrony Odry przed Zanieczyszczeniami. Pełniła również funkcję zastępcy dyrektora w Departamencie Gospodarki Wodnej i Żeglugi Śródlądowej w Ministerstwie Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej oraz dyrektora Departamentu Gospodarki Wodnej w Ministerstwie Środowiska. Była też zastępcą Prezesa Wód Polskich ds. Zarządzania Środowiskiem Wodnym. Od kilku lat jest członkiem Rady Naukowej IMGW–PIB.

Joanna Kopczyńska jest absolwentką Uniwersytetu im. Loránda Eötvösa w Budapeszcie oraz Krajowej Szkoły Administracji Publicznej w Warszawie. W 2023 r. na Uniwersytecie Gdańskim uzyskała stopień naukowy doktora nauk społecznych w dyscyplinie nauki prawne.