Dzięki nowym przepisom ograniczona będzie możliwość wywierania wpływu na zarządcę infrastruktury przez przewoźników kolejowych lub podmioty sprawujące nad nimi kontrolę. Zakazane będzie łączenie określonych funkcji lub zajmowanie stanowisk jednocześnie u zarządcy infrastruktury kolejowej i przewoźnika kolejowego. Ograniczona zostanie ponadto możliwość zlecania zadań zarządcy infrastruktury innym podmiotom.

W nowelizacji zaproponowano m.in.: zakaz wzajemnego udzielania pożyczek pomiędzy zarządcą infrastruktury a przewoźnikiem, a także obowiązek prowadzenia przez zarządcę szczegółowej dokumentacji dotyczącej współpracy handlowej i powiązań kapitałowych z innymi podmiotami wchodzącymi w skład tego przedsiębiorstwa.

Nowelizacja wprowadza możliwość prowadzenia negocjacji w zakresie opłat za dostęp do infrastruktury kolejowej oraz obowiązek współpracy i informowania innych zarządców infrastruktury, jeśli wystąpią zakłócenia, które mogą mieć wpływ na ruch transgraniczny. W projekcie zaproponowano tez zmiany w zakresie monitorowania punktualności oraz rekompensat należnych z tytułu opóźnienia pociągu.

Prezes Urzędu Transportu Kolejowego będzie m.in. uprawniony do żądania od zarządcy informacji o braku zdolności przepustowej infrastruktury kolejowej. UTK będzie sprawować nadzór nad negocjacjami, których przedmiotem są opłaty za dostęp do infrastruktury oraz nad zawieraniem i wykonywaniem umowy dotyczącej współpracy zarządcy infrastruktury i przewoźnika.  

Nowe rozwiązania wejdą w życie po 2 miesiącach od ogłoszenia w Dzienniku Ustaw, z wyjątkiem niektórych przepisów, które zaczną obowiązywać z dniem następującym po dniu ogłoszenia.