Ten przebieg linii kolejowej został uznany przez mieszkańców za najbardziej preferowany. Charakteryzuje go m.in. powstanie dwunastu nowych punktów obsługi podróżnych oraz wykorzystanie istniejącej linii kolejowej na odcinku Ostrołęka – Śniadowo – Łomża.   

Wybór wariantu inwestorskiego dla odcinka o długości ok. 152 kilometrów to efekt wielomiesięcznych prac prowadzonych w ramach studium techniczno-ekonomiczno-środowiskowego (STEŚ).  W ramach STEŚ rozpatrywano warianty W11, W12, W13 i W14. To właśnie wariant W14 charakteryzuje się najmniejszą liczbą nieruchomości zabudowanych niezbędnych do pozyskania w celu realizacji inwestycji. W każdym z badanych w analizie wielokryterialnej modeli: rozwojowym, technicznym i ekologicznym, ten przebieg linii kolejowej uzyskał najwyższe oceny. Oznacza to również najmniejszą liczbę ingerencji w obszary cenne środowiskowo.

Przebieg wybranego wariantu zaczyna się na stacji Ostrołęka. Nowy fragment linii kolejowej nr 29 początkowo biegnie po śladzie istniejącej linii kolejowej nr 36 w kierunku wschodnim, a następnie za stacją Śniadowo kieruje się na północ, omija miejscowość Konarzyce od wschodu, by dalej przejść przez istniejącą stację Łomża. 

Następnie nowa linia kolejowa przechodzi przez centrum Łomży wykorzystując zachowany do dziś wolny pas terenu pod budowę linii kolejowej i dalej mostem długości 1 km linia prowadzi nad doliną Narwi, by przejść między miejscowościami Piątnica i Czarnocin. Następnie nowa linia mija od strony wschodniej miejscowość Pęza, od strony zachodniej Mały Płock i Kolno, dalej kieruje się na północ, omijając Czerwone, Jeże, Turowo Duże i Borki od strony wschodniej. Następnie w rejonie miejscowości Babrosty łączy się z linią kolejową nr 219 i przechodzi przez istniejącą stację Pisz. 

Następnie linia biegnie na północ w śladzie dawnej linii kolejowej Pisz - Orzysz i przechodzi przez istniejącą stację Orzysz, gdzie łączy się z linią kolejową nr 223. Dalej omija od strony wschodniej Pianki, jezioro Ublik Mały, Konopki Wielkie oraz Miłki. Następnie od okolic miejscowości Bystry biegnie wzdłuż istniejącej linii kolejowej nr 38, by zakończyć bieg włączeniem w istniejącą stację Giżycko. 

Na linii nr 29 prędkość projektowa wynosi do 250 km/h dla ruchu pasażerskiego i 120 km/h dla ruchu towarowego. Oznacza to możliwość skrócenia czasów przejazdu (na przykład przejazd na trasie Ostrołęka – Łomża po realizacji prac określonych w STEŚ zajmie ok. 18 minut, a przejazd na trasie z CPK do Giżycka ok. 2:20 godz.). 

W ramach prac nad studium przeprowadzono liczne spotkania informacyjno-konsultacyjne z mieszkańcami i przedstawicielami jednostek samorządu terytorialnego, podczas których każdy mógł wyrazić swoją opinię na temat poszczególnych wariantów, m.in. za pomocą ankiet. Zgodnie z ich wynikami najbardziej preferowany był wariant W14.

Wybrany wariant inwestorski zostanie włączony w projekt Zintegrowanej Sieci Kolejowej, w ramach której wykonana zostanie ewaluacja układu dalekobieżnej sieci kolejowej.