Od 2020 r. Kraków Airport, wraz z innymi portami lotniczymi na całym świecie, mierzy się z epidemią koronawirusa i w konsekwencji ze zmniejszoną liczbą obsłużonych pasażerów. W odpowiedzi na to wyzwanie krakowski port lotniczy, jako pierwszy w Polsce, podpisał deklarację „Aviation Industry Charter for COVID-19”, zainicjowaną i przygotowaną przez Europejską Agencję Bezpieczeństwa Lotniczego (EASA). Głównym celem deklaracji jest stosowanie i promowanie nowych zasad bezpieczeństwa przeciwko rozprzestrzenianiu się COVID-19 przez operatorów lotniczych oraz zarządzających lotniskami. Ponadto, mimo trudności związanych z epidemią, Kraków Airport jest pierwszym portem regionalnym, który ma zatwierdzony Plan Generalny. Jest to strategia, która wyznacza kierunek rozwoju portu lotniczego na co najmniej dwie dekady. Rozwój Kraków Airport wpłynie na poprawę koniunktury gospodarczej Krakowa i Małopolski, stanie się źródłem silnego impulsu po pandemii zapewniającego miejsca pracy w tym regionie oraz przyczyni się do ożywienia branży turystycznej.
 

Od początku 2020 roku Kraków Airport na bieżąco współpracuje z Głównym Inspektorem Sanitarnym, stosuje się do wszystkich rozporządzeń Ministerstwa Infrastruktury oraz do zaleceń Urzędu Lotnictwa Cywilnego.

15 marca 2020 roku zamknięto granice i zawieszono wykonywanie połączeń w ruchu lotniczym. Po tej dacie z Kraków Airport wykonywane były tylko połączenia o statucie rescue flight, a lotnisko przygotowywane zostało do wprowadzenia nowych zasad sanitarnych. Kraków Airport w dobie pandemii pozostaje w czołówce najlepszych lotnisk świata dbających o najwyższe standardy bezpieczeństwa i zdrowia pasażerów, czego dowodzi  przyznanie mu, jako pierwszemu portowi lotniczemu w Polsce, ACI Airport Health Accreditation. Akredytacja przyznawana przez Airports Council International (Międzynarodową Radę Portów Lotniczych) dotyczy przede wszystkim takich obszarów jak: technologia sprzątania, dezynfekcja, stosowanie zasad dystansu społecznego, zabezpieczenie personelu lotniska, sposobu informowania o zasadach sanitarnych oraz innych udogodnień dla pasażerów. Według przeprowadzonych badań, aż 90% pasażerów pozytywnie ocenia wprowadzone w Kraków Airport zasady sanitarne.

W czerwcu nastąpiło przywrócenie najpierw krajowego ruchu pasażerskiego, a następnie ruchu lotniczego w ramach granic wewnętrznych Unii Europejskiej. Od lipca do września 2020 r. otwarto nowe połączenia wakacyjne w ramach akcji #LOTnaWakacje oraz wznowiono ruch do 23 krajów. W tym okresie Kraków Airport obsłużył ponad 760 tysięcy pasażerów.

25 października 2020 r. wszedł w życie zimowy rozkład lotów w Kraków Airport. Według planów pasażerowie krakowskiego lotniska mieli skorzystać z 90 połączeń do 65 portów lotniczych. Krakowskie lotnisko na bieżąco wdrażało aktualizowane przez Radę Ministrów RP wytyczne dotyczące ograniczeń, mające zapewnić zapobieganie rozprzestrzeniania się COVID-19.

29 października 2020 roku krakowskie lotnisko otrzymało pozwolenie na realizację zadania inwestycyjnego pn. „Budowa budynku magazynowego Cargo wraz z częścią biurową oraz zagospodarowaniem terenu w Międzynarodowym Porcie Lotniczym im. Jana Pawła II Kraków-Balice sp. z o. o.”. Większy i nowocześniejszy terminal pozwoli spełnić wymagania ruchu cargo oraz umożliwi oddalenie ruchu samochodów ciężarowych od bezpośredniego otoczenia terminala pasażerskiego. W ostatnich dniach grudnia został ogłoszony przetarg na realizację tej inwestycji.

Działania całej branży zapewnianiające bezpieczeństwo podróży, w tym także sanitarne, zmierzają do wypracowania jednolitych standardów, które pozwolą odbudować rynek przewozów lotniczych i turystykę po okresie pandemii. Warunkiem koniecznym jest jednak pełne lub częściowe otwarcie branży turystycznej, a także szczepienia. Według analiz rynku lotniczego w 2021 roku możemy spodziewać się w Kraków Airport 4 250 645 pasażerów. Niezależne badania organizacji lotniczych takich jak IATA czy ACI potwierdzają, że pasażerowie po uspokojeniu sytuacji związanej z pandemią, będą chcieli korzystać z podróży lotniczych.

W obliczu obserwowanej, znaczącej skali strat miasta i regionu, skutecznym lekarstwem na kryzys będą kolejne inwestycje. Lotnisko trzeba modernizować, bo jest efektywnym narzędziem rozwoju gospodarczego Małopolski, zatem w dobie największego w historii kryzysu wciąż aktualne pozostają strategiczne plany inwestycyjne zawarte w Planie Generalnym lotniska Kraków-Balice.

W grudniu 2020 r. został zatwierdzony Plan inwestycyjny Międzynarodowego Portu Lotniczego na lata 2020 –2028, który został opracowany na podstawie zatwierdzonego przez Ministra Infrastruktury Planu Generalnego lotniska Kraków–Balice. Do kluczowych zadań inwestycyjnych należeć będą:

• nowa droga startowa;
• rozbudowa płyty postojowej dla samolotów w części zachodniej;
• budowa nowego terminala cargo;
• rozbudowa terminala pasażerskiego;
• rozbudowa wewnętrznego układu komunikacyjnego oraz budowa parkingu wielopoziomowego.