Obiekt został zrealizowany w formule Innowacyjnego Dworca Systemowego, czyli według autorskiego pomysłu PKP SA, w miejscu starego budynku. Jego charakterystyczną cechą jest minimalistyczna i zarazem nowoczesna forma architektoniczna. Składa się on z dwóch pawilonów, mieszczących części pasażerską oraz komercyjną, przykrytych wspólnym zadaszeniem. Dominantą dworca jest wieża o wysokości 8 metrów, na której umieszczono podświetlany nocą zegar. W części pasażerskiej mieszczą się toalety i niewielka klimatyzowana poczekalnia, elektroniczne tablice odjazdów i przyjazdów pociągów, gabloty z rozkładem jazdy oraz system informacji głosowej. Pod wiatą, na obu końcach budynku, zlokalizowano stojaki rowerowe wraz ze stacją naprawy rowerów.

Nowy dworzec w Janikowie posiada wiele udogodnień dla wszystkich grup podróżnych. Przy jego projektowaniu i budowie wyeliminowano potencjalne bariery architektoniczne, które mogłyby stanowić przeszkodę dla osób o ograniczonej mobilności. W obiekcie zaprojektowano oznakowanie w alfabecie Braille’a, ścieżki prowadzące dla osób niewidomych i niedowidzących, mapy dotykowe oraz toaletę dostosowaną do potrzeb osób z niepełnosprawnościami. Z kolei kontrastowa kolorystyka elementów wykończenia wnętrz ułatwi orientację w przestrzeni osobom niedowidzącym.  Innowacyjny dworzec w Janikowie to budynek, w którym zadbano również o bezpieczeństwo. Został on wyposażony w systemy monitoringu, kontroli dostępu, sygnalizacji włamania i napadu, a także detekcji pożaru.

Dworzec w Janikowie to również budynek przyjazny środowisku naturalnemu. Na dachu dworca  umieszczono panele fotowoltaiczne o łącznej mocy 3 KWp. Wytwarzają one w ciągu roku około 2700 kWh energii elektrycznej, co przyczyni się to do redukcji emisji dwutlenku węgla o 2500 kg/rok. To mniej więcej tyle dwutlenku węgla, ile przez cały rok pochłania około 500 sporych rozmiarów drzew! Kolejnym proekologicznym rozwiązaniem wprowadzonym na dworcu jest pompa ciepła do ogrzewania budynku, a także energooszczędne oświetlenie wraz z automatyką sterującą opartą o czujniki obecności oraz natężenia światła. Całość pracy instalacji i urządzeń na dworcu będzie monitorowana i regulowana poprzez system BMS (Building Management System), co pozwoli na optymalizację zużycia mediów.

Dzięki zakończonej inwestycji zmieniło się również bezpośrednie otoczenie dworca. Ułożono nową nawierzchnię z płyt betonowych i kostek brukowych z wkomponowanymi w nie ścieżkami prowadzącymi dla osób niedowidzących i niewidomych. Ponadto zamontowano nowe elementy małej architektury (ławki, kosze, oświetlenie) oraz uporządkowano zieleń. W sąsiedztwie budynku wytyczono 12 miejsc parkingowych, w tym po jednym miejscu dla rodzin z dziećmi oraz dla osób z niepełnosprawnościami.

Budowa nowego dworca w Janikowie kosztowała około 5 mln złotych. Inwestycja była współfinansowana ze środków unijnych w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko.
W województwie kujawsko-pomorskim, w ramach Programu Inwestycji Dworcowych na lata 2016-2023, PKP SA wybuduje i zmodernizuje jeszcze osiem dworców kolejowych.  W części z nich, czyli obiektach w Kołodziejewie, Mogilnie i Złotnikach Kujawskich, trwają już prace budowlane. W kolejnych następuje wybór wykonawcy prac budowlanych (Włocławek), opracowywana jest dokumentacja projektowa (Toruń Wschodni, Toruń Miasto, Bydgoszcz Zachód) lub przygotowywane jest ogłoszenie przetargu na jej wykonawcę (Grudziądz).