Budynek został wzniesiony w 1929 roku według projektu architekta Adolfa Pillera w stylu modernistycznym. Konieczność budowy nowego, większego dworca, w dwudziestoleciu międzywojennym była spowodowana zmianą granic po I wojnie światowej i odrodzeniem państwa polskiego, w wyniku których Zbąszyń stał się miastem granicznym z Republiką Weimarską. Obecna przebudowa budynku stacyjnego ma na celu przywrócenie mu dawnej świetności. Zakres modernizacji obejmuje renowację elewacji budynku wraz z detalami architektonicznymi, w tym godłem Polski znajdującym się od strony peronów na około 25-metrowej wieży dworca. Częściowej wymianie i renowacji zostanie poddana również stolarka okienna i drzwiowa. Całość bryły budynku podświetli nowa iluminacja podkreślająca walory architektoniczne budynku. Podczas inwestycji zostanie również wykonanych wiele prac konstrukcyjnych poprawiających stan techniczny budynku.  

Metamorfozę przejdzie wnętrze budynku, gdzie przebudowane zostaną wszystkie pomieszczenia, które zyskają nowe funkcje. Na parterze, w centralnej części dworca, zaprojektowano przestrzeń obsługi podróżnych, czyli hol pełniący funkcję poczekalni, pomieszczenia kas biletowych, opiekuna z dzieckiem oraz toalety. W części dla podróżnych pojawią się nowe ławki, gabloty z rozkładami jazdy, elektroniczne tablice przyjazdów i odjazdów pociągów oraz system informacji głosowej. Pozostałą przestrzeń zajmą lokale komercyjne oraz powierzchnie, które zagospodaruje samorząd lokalny. Przewidziano również specjalne pomieszczenie przeznaczone do pozostawienia rowerów, z wejściem od strony peronów. Umiejscowienie zadaszonej przestrzeni na rowery wewnątrz budynku dworca to oryginalne, niewykorzystywane dotychczas w ramach programu inwestycyjnego PKP SA rozwiązanie – zazwyczaj miejsca parkingowe jednośladów znajdują się w dodatkowych wiatach rowerowych oraz budynkach i przybudówkach, które nie pełnią już swoich dawnych funkcji. 

Przebudowa dworca zakłada wprowadzenie wielu ułatwień dla osób o ograniczonej mobilności. Zaplanowano m.in. likwidacje barier architektonicznych, montaż oznaczeń w alfabecie Braille’a, tablic dotykowych z planami dworca, ścieżek prowadzących dla osób niewidomych i niedowidzących oraz dwóch wind. Istotnym elementem inwestycji będzie również montaż systemów: monitoringu, kontroli dostępu, sygnalizacji włamania i napadu oraz przeciwpożarowego.

Ważną kwestią przy modernizacji dworca będzie wdrożenie na nim proekologicznych rozwiązań. W celu ograniczenia strat ciepła planuje się wykonanie ocieplenia ścian zewnętrznych budynku oraz montaż stolarki okiennej i drzwiowej o niskim współczynniku przenikalności ciepła. Dworzec w ramach inwestycji zostanie również wyposażony w energooszczędne oświetlenia wraz z automatyką sterującą. Zespoły urządzeń i systemów zamontowanych na dworcu będą nadzorowane przy pomocy systemu BMS (Building Management System), co przyczyni się dodatkowo do optymalizacji zużycia energii elektrycznej i wody.  

W ramach prac, które będą prowadzone w bezpośrednim otoczeniu dworca, planuje się m.in. rewitalizację zieleni, ułożenie nowej nawierzchni w sąsiedztwie budynku, montaż elementów małej architektury, a także wyburzenie pawilonów garażowych i budynków pomocniczych.

Przebudowa dworca w Zbąszyniu jest dofinansowana ze środków z budżetu państwa. Wartości inwestycji, której zakończenie planuje się w 2023 roku, to prawie 26,5 mln zł.