Dowództwo Korpusu powstało 18 września 1999 r., czyli w roku przystąpienia Polski do NATO. Utworzenie jednostki było możliwe dzięki konwencji podpisanej przez ministrów obrony Danii, Niemiec i Polski.

„Od 25 lat Wielonarodowy Korpus Północno-Wschodni jest żywym dowodem zobowiązania, które  łączy nas jako sojuszników. Atak na jednego z nas jest atakiem na całe NATO. Artykuł Piąty Traktatu Północnoatlantyckiego jest nienaruszalny.”

– podkreślił podczas ceremonii dowódca Korpusu gen. broni Jürgen-Joachim von Sandrart.

Dziś ponad 20 państw NATO ma swoich przestawicieli w Dowówdztwie Korpusu, a na mocy listu intencyjnego podpisanego w Szczecinie jeszcze ściślejszą integrację swojej armii z Korpusem zadeklarowała Litwa.

„Litwa jest gotowa stać się czwartym krajem ramowym Korpusu, pokazując tym samym, że chce kształtować przyszłość północno-wschodniej flanki NATO.”

– powiedział von Sandrart.

Wielonarodowy Korpus Północno-Wschodni spełnia w Strukturze Sił NATO rolę korpusu bojowego szybkiego reagowania. Odpowiada za wszystkie wojska lądowe NATO znajdujące się na tzw. wschodniej flance, czyli w Polsce, Estonii, na Litwie i Łotwie. Jest również gotowy do dowodzenia siłami szybkiej odpowiedzi NATO, gdyby zostały one rozmieszczone w regionie, a zatem do przejęcia odpowiedzialności za prowadzenie wszystkich operacji lądowych Sojuszu na północnym-wschodzie Europy. 

Specjalizacja Korpusu zaczęła się w 2014 r., po rosyjskiej inwazji na wschodnią Ukrainę i aneksji Krymu. Przywódcy Sojuszu zdecydowali wówczas o znaczącym powiększeniu jednostki i przypisaniu jej – jako pierwszej w NATO – konkretnego rejonu odpowiedzialności, czyli tzw. wschodniej flanki. 

Z tego powodu w 2017 r. stopień gotowości bojowej Korpusu wzrósł z niskiego do wysokiego. Na mocy postanowień szczytu NATO w Warszawie Korpusowi podporządkowano wielonarodowe grupy bojowe, które od 2017 r. stacjonują w Polsce, Estonii, na Litwie i Łotwie. Każda liczy ok. tysiąca żołnierzy. By jeszcze bardziej wzmocnić postawę odstraszania na wschodniej flance wielonarodowe grupy bojowe będą się powiększać z batalionów do brygad, czyli z tysiąca do nawet ponad 3 tysięcy żołnierzy. Korpusowi są również podporządkowane dwie wielonarodowe dywizje – PółnocnyWschód z Elbląga i Północ z Ādaži (Łotwa), a także dywizja Estońskich Sił Zbrojnych.