Centrum Operacyjne Ministra Obrony Narodowej odpowiada za organizowanie i koordynowanie udziału Ministra w wydarzeniach krajowych i międzynarodowych, wsparcie Ministra w zakresie komunikacji wewnętrznej z wyłączeniem informowania o nastrojach w środowisku wojskowym oraz wsparcie Ministra w wykonywaniu obowiązków związanych z działalnością służb specjalnych oraz Żandarmerii Wojskowej wynikających z odrębnych przepisów. Celem działalności Centrum jest zapewnienie warunków do udziału Ministra w wydarzeniach krajowych i międzynarodowych, dostarczanie kierownictwu Ministerstwa informacji o bieżącym funkcjonowaniu resortu, w tym Ministerstwa oraz zapewnienie Ministrowi wsparcia w realizacji zadań wobec służb specjalnych oraz Żandarmerii Wojskowej.

Biuro Ministra Obrony Narodowej odpowiada za bieżącą obsługę działalności Ministra, sekretarzy stanu i podsekretarzy stanu oraz Gabinetu Politycznego Ministra. Celem działalności Biura jest zapewnienie Ministrowi warunków do kierowania resortem.

Biuro Audytu Wewnętrznego odpowiada za prowadzenie audytu wewnętrznegow Ministerstwie, obsługę organizacyjno-merytoryczną Komitetu Audytu oraz koordynację audytu wewnętrznego w dziale administracji rządowej – obrona narodowa w zakresiewynikającym z zadań Komitetu Audytu. Celem Biura jest wsparcie Ministra w osiąganiu celów i realizacji zadań poprzez systematyczną ocenę adekwatności, skuteczności i efektywności systemów i procesów funkcjonujących w resorcie oraz poprzez doradztwo we wskazanym zakresie.

Biuro Dyrektora Generalnego odpowiada za wsparcie Dyrektora Generalnego w procesachzapewniających funkcjonowanie i ciągłość działania Ministerstwa. Celem działalności Biura jest zapewnienie warunków do skutecznego i efektywnego zarządzania Ministerstwem.

Biuro Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej do spraw Warunków Służby Wojskowej odpowiada za obsługę organizacyjną i wsparcie merytoryczne Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej do spraw warunków służby wojskowej. Celem Biura jest zapewnienie warunków do skutecznej i efektywnej realizacji zadań przez Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej do spraw warunków służby wojskowej.

Departament Administracyjny odpowiada za obsługę finansową i logistyczną Ministerstwa oraz struktur poza granicami państwa. Celem Departamentu jest zapewnienie sprawnego funkcjonowania Ministerstwa.

Departament Budżetowy odpowiada za planowanie i wykonywanie budżetu resortu, tworzenie systemu finansowania jednostek budżetowych resortu, organizację służby finansowej w resorcie oraz koordynację w resorcie zadań związanych z wykonywaniem umowy dotyczącej obsługi Funduszu Wsparcia Sił Zbrojnych. Celem Departamentu jest zapewnienie warunków finansowania zadań resortu.

Departament Cyberbezpieczeństwa odpowiada za koordynację w resorcie wykonywania ustawowych zadań Ministra Obrony Narodowej w obszarze cyberbezpieczeństwa. Celem Departamentu jest stworzenie warunków do efektywnej realizacji w resorcie zadań w obszarze bezpieczeństwa cyberprzestrzeni.

Departament Edukacji, Kultury i Dziedzictwa odpowiada za koordynowanie w resorcie działalności w obszarach edukacji obywatelskiej, ceremoniału wojskowego, kultywowania tradycji orężnych, kultury oraz za współpracę ze społeczeństwem w powyższym zakresie.Celem Departamentu jest stworzenie warunków do kształtowania i umacniania tożsamości społecznej i organizacyjnej oraz pożądanych postaw żołnierzy i personelu cywilnego oraz ich upowszechniania w otoczeniu Sił Zbrojnych.

Departament Infrastruktury odpowiada za gospodarowanie nieruchomościami Skarbu Państwa oddanymi w trwały zarząd jednostkom organizacyjnym podległym Ministrowi na cele obronności i bezpieczeństwa państwa, określanie zasad ochrony środowiska w resorcie oraz projektowanie rozwiązań systemowych w zakresie budownictwa wojskowego. Celem Departamentu jest zapewnienie warunków do zarządzania nieruchomościami, rozbudowy i utrzymania infrastruktury wojskowej zgodnie z potrzebami systemu obronnego oraz ochrony środowiska na terenach resortu.