W Departamencie Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej Ministerstwa Infrastruktury prowadzony jest Krajowy Sekretariat ds. HELCOM, z którym w sprawach dotyczących HELCOM można kontaktować się kierując zapytania na adres e-mail: SekretariatHELCOM@mi.gov.pl lub też kontaktując się telefonicznie pod numerem: 22 522 56 06.

Do zadań Krajowego Sekretariatu ds. HELCOM należy:

a) pełnienie roli koordynacyjnej w zakresie monitorowania realizacji przez Polskę zobowiązań wynikających z członkostwa w HELCOM poprzez:

• monitorowanie wdrażania postanowień Konwencji Helsińskiej przez poszczególne resorty zgodnie z ich właściwością kompetencyjną;
• monitorowanie wdrażania Bałtyckiego Planu Działań (BSAP) przez poszczególne resorty zgodnie z ich właściwością kompetencyjną;
• monitorowanie zaangażowania poszczególnych resortów w bieżące prace HELCOM;

b) w zakresie spotkań politycznych HELCOM:

• zapewnienie reprezentacji strony polskiej w posiedzeniach politycznych HELCOM (tj. spotkaniach ministerialnych, spotkaniach Komisji Helsińskiej oraz spotkaniach Przewodniczących Delegacji Stron Konwencji, tzw. Heads of Delegation, HoD);
• wypracowanie, we współpracy z pozostałymi podmiotami krajowymi zaangażowanymi w prace HELCOM, stanowiska Polski na posiedzenia polityczne HELCOM oraz bieżące informowanie pozostałych podmiotów krajowych o wynikach posiedzeń politycznych HELCOM  i o najważniejszych kwestiach ogólnych;

c) podejmowanie działań służących szerokiemu zaangażowaniu podmiotów krajowych w prace HELCOM poprzez:

• prowadzenie działalności informacyjnej dot. HELCOM na poziomie krajowym, jak i zaangażowanie Polski w prace HELCOM;
• pełnienie funkcji krajowego koordynatora w zakresie zgłoszeń krajowych ekspertów do prac w formacjach roboczych HELCOM;
• udzielanie wsparcia zgłoszonym ekspertom krajowym w przypadku zakładania kont na Portalu HELCOM (ang. HELCOM Meeting Portal).