Celem Konwencji Helsińskiej z 1992 r. jako regionalnej konwencji morskiej jest ochrona środowiska Morza Bałtyckiego przed wszelkimi zanieczyszczeniami z lądu, powietrza i morza, a także ochrona różnorodności biologicznej i promowanie zrównoważonego wykorzystania zasobów morskich.

Na poziomie międzynarodowym prace na rzecz wdrożenia Konwencji Helsińskiej prowadzone i monitorowane są w ramach Komisji Ochrony Środowiska Morskiego Bałtyku (Komisji Helsińskiej / HELCOM) jako organizacji międzyrządowej.

Zobowiązania Rzeczypospolitej Polskiej wynikające z Konwencji o ochronie środowiska morskiego obszaru Morza Bałtyckiego, dalej: Konwencji Helsińskiej (Dz.U. z 2000 nr 28, poz. 346) obejmują zakresem swoich uregulowań kwestie znajdujące się we właściwości różnych resortów (w tym m.in. kwestie klimatu, środowiska, gospodarowania złożami kopalnymi, gospodarki, turystyki, rolnictwa, rybołówstwa, gospodarki wodnej. gospodarki morskiej, zdrowia) oraz ustawę o działach administracji rządowej z dnia 4 września 1997 r., Dz.U. z 1997 poz. 943 z późn. zm.) i przepisy innych aktów.

Szeroki zakres prac HELCOM, złożona struktura organizacyjna, wieloetapowy proces decyzyjny, jak i znaczna liczba podmiotów krajowych realizujących zadania pokrywające się z zakresem prac HELCOM lub zaangażowanych w prace HELCOM, czynią koniecznym zoptymalizowanie współpracy na poziomie krajowym.

Krajowy Sekretariat ds. HELCOM wypracował, w uzgodnieniu z pozostałymi podmiotami krajowymi, wytyczne współpracy międzyresortowej z Krajowym Sekretariatem ds. HELCOM (wytyczne współpracy).

Wytyczne współpracy mają w założeniu ułatwić podmiotom krajowym udział w procesie decyzyjnym w HELCOM  i odpowiednie dostosowanie wyników tych prac do polityk i priorytetów realizowanych przez poszczególne resorty, ze szczególnymi wykorzystaniem efektu synergii.

Wytyczne współpracy regulują następujące zagadnienia:

• rolę i zadania realizowane przez Krajowy Sekretariat ds. HELCOM;
• zaangażowania podmiotów krajowych w prace formacji roboczych HELCOM oraz konsekwencji braku ew. zaangażowania;
• zgłaszania krajowych przedstawicieli i ekspertów do prac w formacjach roboczych HELCOM;
• wyznaczania i funkcjonowania liderów krajowych dla poszczególnych grup roboczych HELCOM;
• znajomości postanowień Konwencji Helsińskiej przez podmioty krajowe;
• zaangażowania podmiotów krajowych w bieżące prace formacji roboczych HELCOM, w tym wypracowywania stanowisk krajowych;
• zgłaszania do Krajowego Sekretariatu ds. HELCOM kwestii problematycznych / niekorzystnych dla Polski.