Organizacje pozarządowe w edycji FIO 2016 mogły ubiegać się o dofinansowanie w ramach jednego z trzech priorytetów: Aktywne społeczeństwo, Aktywni obywatele oraz Silne organizacje pozarządowe.

Priorytet „Aktywni obywatele”, na który przeznaczono ponad 12,1 mln zł, zwiększy udział obywateli w sprawach publicznych. W jego ramach dofinansowanie otrzyma 109 ofert organizacji. „Silne organizacje” to 4 priorytet. W tym module dofinansowanych zostanie 33 projekty, na które organizacje otrzymają ponad 5,2 mln zł.

Zgłoszone projekty mogą być realizowane w ciągu jednego roku (od 1 marca 2016 r. do 31 grudnia 2016 r.) lub w ciągu dwóch lat (od 1 marca 2016 r. do 30 listopada 2017 r.). Organizacje na realizację swoich projektów otrzymały od 10 do 100 tys. zł dla projektów jednorocznych oraz od 20 do 200 tys. dla projektów dwuletnich.

W konkursie mogły wziąć udział organizacje pozarządowe, związki wyznaniowe, stowarzyszenia jednostek samorządu terytorialnego, spółdzielnie socjalne, spółki akcyjne i spółki z ograniczoną odpowiedzialnością oraz kluby sportowe, które nie działają w celu osiągnięcia zysku i które przeznaczają całość dochodu na realizację celów statutowych. Nie muszą one posiadać statusu organizacji pożytku publicznego.

Fundusz Inicjatyw Obywatelskich powołano w 2005 r. W 2008 r. utworzono na ten cel rezerwę budżetową. Od 2009 r. FIO działa jako Program Operacyjny, a od 2014 r. jako Program.